多種花樣都能懂，富集圖的看法
爾云間? 一個專門做科研的團隊
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小伙伴們，大家平時肯定經(jīng)常接觸一些有關(guān)富集的分析吧，常見的富集主要有GO富集和KEGG富集分析，就是對基因的功能和所屬通路進行分析，富集圖的表現(xiàn)形式多種多樣，有些小伙伴們可能也沒有見過。今天小果就帶大家見識見識。
首先看一下比較常見的，氣泡圖。
這個圖小伙伴應(yīng)該基本都見過，橫坐標是基因比例，就是富集在該項上的基因數(shù)比總基因數(shù)，其實反映的就是富集基因數(shù)。縱坐標就是這些項了，同時點的大小也反映了富集在該項上的基因數(shù)，富集到的基因越多，這個點就越大，而顏色反映了P值的大小，P值越小，-log10（pvalue）就越大，顏色也就越藍，注意，這里的藍只是這個圖里的，更多的圖是顏色越紅越顯著，注意看圖例就行了。
除了氣泡圖以外，常見的還有柱狀圖
這就是常見的柱狀圖了，GO分為三部分，BP,CC,和MF，這三部分在圖中用三種顏色顯示出來，而橫坐標是-log10（pvalue），這個值越大，P值就越小，也就越顯著，但是這個圖就顯示不出來富集到的基因數(shù)了。
上面的圖各有優(yōu)缺點，但它們都有一個共同的缺點，那就是不能顯示GO項上富集到了具體哪些基因。
上面這個是圈圖，它就能解決這些問題，但基因數(shù)和GO項的分類就體現(xiàn)不出來了。
好了，小果今天給大家介紹的就是富集圖的主要形式了，小伙伴們有什么問題都可以來和小果分享討論喲。
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