在做小分子穿透細(xì)胞膜的動(dòng)力學(xué)模擬中，需要把小分子插入細(xì)胞膜的水層中，從而研究小分子是怎樣進(jìn)入細(xì)胞膜的過(guò)程，那么本期將給大家介紹如何將小分子插入細(xì)胞膜中。

以維生素C分子為例：

在CHARMMGUI > Ligand Reader & Modeler?模塊中生成維生素C的拓?fù)湮募?，下載解壓并拷貝其中的ligandrm.pdb 到指定文件下；

參考建立純膜的教程：

https://mp.weixin.qq.com/s/k3RDoe9Fjaaha5sEZYsBlA

構(gòu)建純膜體系后，下載解壓并拷貝step5.gro到指定文件下，指定文件夾下包含ligandrm.pdb；

gmx insert-molecules

一、隨機(jī)插入直接用gmx insert-molecules

gmx insert-molecules -f step5_input.gro -ci ligandrm.pdb -o complex1.gro -replace -nmol 1，選擇TIP3（水分子替換）

運(yùn)行兩次上述命令，得到complex1.gro和complex2.gro，如下圖所示紅色是小分子在complex1.gro中的位置，藍(lán)色是小分子在complex2.gro中的位置。兩次運(yùn)行上述命令，小分子插入的位置是隨機(jī)的，不確定的，可能達(dá)不到我們的要求。

二、mx insert-molecules 指定位置插入

a.step5.gro末尾一行：8.13019 ?8.13019 ?8.50000，膜體系是一個(gè)長(zhǎng)方體盒子；

b.創(chuàng)建position.dat（格式是unix格式），里面寫(xiě)入4.000 4.000 8.000

c.運(yùn)行命令：gmx insert-molecules -f step5_input.gro -ci ligandrm.pdb -ip position.dat -nmol 1 -dr 1 1 1 -try 10000 -replace

d.運(yùn)行命令后打開(kāi)out.gro，可看到配體的位置坐標(biāo)在 (5.000，4.000，7.000) 附近。和position.dat坐標(biāo)不一樣是因?yàn)?dr 1 1 1，允許從postion.dat中位置以 1 1 1進(jìn)行位移，所以配體分布在 (5.000，4.000，7.000) 是合理的。