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氨基酸序列的多重序列比對(duì)是重要的生物信息學(xué)分析方法，常用的工具軟件有MEGA, DNAMAN, ClustalX等，但并不能生成高質(zhì)量、美觀的圖片。ESPript 3.0可以全面、高質(zhì)量地展示多重序列比對(duì)結(jié)果，并且可以同時(shí)展示序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)，突出序列的細(xì)節(jié)和重點(diǎn)，分析序列的親疏水性和相對(duì)可溶性等。

ESPript 3.0網(wǎng)頁(yè)界面顯示出三種模式（MODE），自左至由分別為初級(jí)BEG?(BEGinner)，進(jìn)階級(jí)ADV(ADVanced) 和專業(yè)級(jí)EXP?(EXPert)。使用者可根據(jù)自身需求選擇不同的模式作圖。根據(jù)不同的使用需求，下面將分別介紹其基本功能和進(jìn)階功能。

本次介紹初級(jí)功能BEG?(BEGinner)，多序列比對(duì)的基本功能在BEG中均能實(shí)現(xiàn)。

前期準(zhǔn)備：

首先，使用Clustal X或MEGA做氨基酸序列的多序列比對(duì)并將結(jié)果保存為.aln或.fasta格式。

隨后預(yù)測(cè)目的蛋白的三維結(jié)構(gòu)，為了盡量全的展示序列結(jié)構(gòu)，建議使用ITASSAR預(yù)測(cè)。

此處以人類、小鼠和斑馬魚的sod1多序列比對(duì)為例講解。

1. 用MEGA做多重序列比對(duì)并保存.fas格式，將多重序列比對(duì)結(jié)果拖入或添加入Aligned Sequences, 同時(shí)勾選Number sequences.

如果你只是需要一個(gè)多重序列比對(duì)的結(jié)果，此后的步驟就可以接看步驟3及以后步驟。此時(shí)所得到的結(jié)果如下：

2. 從PBD庫(kù)中下載小鼠SOD1蛋白三維結(jié)構(gòu)3GTT.pdb，并將pdb文件拖入Secondary structure depiction; 若三維結(jié)構(gòu)為多聚體，在Chai ID處寫出需要展示的氨基酸鏈，此處選擇為A鏈。

注：軟件默認(rèn)二級(jí)結(jié)構(gòu)展示出的為多重序列比對(duì)中的第一個(gè)序列，如二者不對(duì)應(yīng)，則需要進(jìn)一步自定義序列順序。

而本例子中第一個(gè)序列為SOD1_human，與提供的小鼠SOD1三維結(jié)構(gòu)模型不對(duì)應(yīng)，因此需要在Sequences to display處自定義序列順序。

3. 選擇序列相似性描述參數(shù)

通常默認(rèn)參數(shù)即可

4. 定義序列順序

如不需要自定義順序，則默認(rèn)參數(shù)即可（all）。

此處將序列的順序改為：2 1 3

5. 序列比對(duì)輸出定義

序列輸出調(diào)整可以根據(jù)需要自行調(diào)試

6. 選擇輸出圖片格式

可以選擇不同的格式與分辨率。等待生成后保存即可。

輸出結(jié)果：