這個解讀只針對TV版和舊劇場版（air、真心為你），新劇場版（序、破、Q、終）是全新的故事，人物的故事線更完整，細節(jié)和鋪墊更充實了，但是邏輯性、戲劇性都下降了。個人認為這個官方的改編版本并不比老版故事更勝一籌，就不作解讀了。很多視頻up主在解讀劇情的時候在關鍵劇情上含糊其辭，或者人云亦云，故弄玄虛，所以還是自己動手簡單地寫幾句吧。

一、宏觀背景設定：

1、亞當和莉莉絲是兩個物種。亞當一族體內有生命之果，產(chǎn)生了渴望回歸母體的原始本能，莉莉絲一族體內有智慧之果，導致了個人意志產(chǎn)生。

2、同一物種間回歸，只是簡單地回歸，不會動搖亞當或者莉莉絲神的地位。但是不同物種間的結合，會取締舊神產(chǎn)生新神，是所謂的禁忌融合。

二、微觀背景設定：

1、渚薰是亞當?shù)姆稚恚荓ilin（泛指普通人類，可以簡單的看作是一個個體，是莉莉絲的后代）在南極發(fā)現(xiàn)亞當后，進行技術試驗的產(chǎn)物，試驗批量生產(chǎn)神的分身的可行性。具體就是將某一個Lilin的DNA注入到亞當體內，然后神的體內就會分化出一個具有Lilin肉體的分身。這次試驗引發(fā)了第二次沖擊，但是也證明了這一路徑是可行的，為Nerv后來批量生產(chǎn)莉莉絲的分身（也就是綾波麗）作了技術儲備。

2、關于A.T.Field。不同的個體（這里的個體是指使徒和使徒之間，而不是人類之間，人類本質上是一個個體，是從屬于莉莉絲的使徒Lilin，只是分裂出了無數(shù)的肉體和靈魂，也因為不斷得分裂，單個人類的A.T.Field非常弱小）具有不同的A.T.Field，而且亞當一族的A.T.Field跟莉莉絲一族的性質不同，某種程度上這兩者的A.T.Field是互相排斥的，類似水火互相克制，這也是為什么某些劇集里稱之為反A.T.Field，強大的一方會壓制甚至中和掉另一方的A.T.Field。在劇集里，強如力天使，也會被初號機的A.T.Field輕易撕開，因為只有初號機是用莉莉絲的肉體制作的，它產(chǎn)生的A.T.Field正好能克制亞當一族的使徒，只是真嗣的心靈太脆弱，當他自己作為駕駛員的時候能發(fā)動的A.T.Field太弱小，只能在下線的時候，依靠靈魂融入初號機內的碇唯來反殺（母愛的力量過于強大）。

3、關于第二次沖擊。第二次沖擊是Lilin第一次進行上述試驗，毫無經(jīng)驗導致實驗過程失控的結果。亞當被注入某個Lilin的DNA后，分化過程亞當會產(chǎn)生的強大A.T.Field，雖然期間嘗試了使用朗基努斯之槍將亞當封印，但是全球依然有1/2的Lilin的A.T.Field被中和掉了（朗槍也許還是起了些壓制作用的，不然Lilin可能就全滅了）。因為Lilin的A.T.Field非常弱小，僅僅能維持體型，一旦Lilin的A.T.Field被中和就會變成LCL，所以對Lilin來說這是一次浩劫，也就被稱為第二次沖擊。

4、綾波麗是莉莉絲的分身，是Nerv抽取莉莉絲的靈魂，并用碇唯的DNA制造的肉體合成出來的，由于技術相對成熟可以批量生產(chǎn)。雖然生產(chǎn)的產(chǎn)品合格率比較低，保質期也不太穩(wěn)定（肉體很脆弱，要經(jīng)常修復），但是莉莉絲和Lilin是同一族，分化過程爆發(fā)的A.T.Field不會互相干擾，至少在安全性上是有保障了。

三、人類補完計劃的實現(xiàn)路徑和目的：

1、Seele的計劃：通過自我獻祭的方式，由莉莉絲將Lilin（全人類）還原為LCL之海，回歸莉莉絲，成為一個由莉莉絲主導的統(tǒng)一的個體。（由于是Lilin回歸莉莉絲的母體，僅僅只具備智慧之果，補完后只是消除了人與人之間的心之壁，同呼吸共命運，但也意味著放棄了個人意志，只是成為神的一部分，并不能算是完全意義上的進化）

2、碇源渡的計劃：具有亞當胚胎“生命之果”的碇源渡和具有“智慧之果”的莉莉絲的分身綾波麗結合，將全人類還原為LCL之海，并取締亞當和莉莉絲成為由自己主宰的統(tǒng)一的個體。（“主導”和“主宰”一字之差，因為莉莉絲具有神性，并不在乎人類的悲歡，對統(tǒng)治人類并沒有多大興趣，但是碇源渡是有的，而且很大）

3、碇唯的計劃：碇唯自己靈魂融入初號機，使初號機具有“智慧之果”，后期吞噬使徒S2機關（力天使不幸躺槍），使初號機又具有“生命之果”。然后初號機就具備了獨立開啟補完計劃的條件，由于同步率的限制，初號機可以主動選擇僅僅同駕駛員碇真嗣綁定，是否進行人類補完計劃就將完全交由碇真嗣個人決定。作為關鍵決策者將保留個人意志，如果真嗣決定補完，那也意味著不得不成為人類的主宰，肩負起主導人類未來命運的責任。如果決定不補完，初號機作為神一樣的存在，也可以保全真嗣作為一個獨立存在的個體永遠活下去。所以，由誰來開啟計劃很重要，決定了誰可以成為神。

四、故事的最終走向

不管各方的算盤打的有多精明，結局大跌眼鏡，沒有按任何人的計劃進行，是綾波麗以自我犧牲的方式無條件地為真嗣付出，成全了他的愿望。先復盤一下結局，Seele捕獲了初號機，試圖通過初號機和12只量產(chǎn)機的自我獻祭儀式來啟動補完計劃（本來初號機的位置是給莉莉絲的，Seele也沒把握這樣能不能成），與此同時，碇源渡在最終教條區(qū)也在試圖跟綾波麗結合來啟動自己的補完計劃，但是綾波麗最終選擇了遵從本心拒絕了碇司令，靈魂回歸莉莉絲肉體后選擇了跟碇真嗣結合，變成了由綾波麗主導的，具備“智慧之果”的莉莉絲本體和具備“生命之果”的初號機的結合，綾波麗（作為莉莉絲的分身也可以算是莉莉絲進化了）成了新神，然而綾波麗在跟碇真嗣漫長的相處中產(chǎn)生了羈絆，即使成了神也選擇全心全意為真嗣付出，聽從真嗣完全按照他的想法來改造新的世界。從這個角度來講，碇唯的計劃以這種方式實現(xiàn)了，因為這次補完根本就不是初號機自己開啟的，按理說真嗣根本沒有資格決定補完后的世界規(guī)則應該怎么設定，甚至連保留個人意志的權力都沒有，但是耐不住綾波麗真心為他啊。

那么，真嗣是怎么決定的呢？他內心是渴望補完消除心之壁回歸LCL的，但因為他所處的位置，選擇補完就不得不承擔改造世界、決定人類命運的責任，這種強加在頭上的責任是他深惡痛絕的，覺得是別人強加給他的，好像是為了迎合別人的期望去做事。那就不選擇，就不補完，依然承受心之壁帶來的隔閡，承擔被傷害的風險。事實上，哪有不需要承擔代價的選擇呢？哪有不需要抵抗重力的飛翔呢？

所以，最后結局是綾波麗幫所有人補完了，但是唯獨留下了碇真嗣和明日香，同時又給了已經(jīng)補完的人類從LCL之?；氐浆F(xiàn)實的希望，只要內心的意志足夠堅定堅強。然后綾波就自刎了，當然啦此時作為神一樣的存在，現(xiàn)在的綾波和之前的渚薰都只是脫離了肉體的束縛，作為精神的A.T.Field還是存在于狄拉克之海的虛數(shù)空間，可能那才是神真正生活的世界。

碇真嗣留下來是因為他自我選擇不補完，獨自面對內心的矛盾和未知的世界，不為任何人只為自己負責。估計真嗣醒來后看到身邊還躺著明日香，心里是大吃一驚的吧？

為什么明日香留下來劇中沒有明說，不過我覺得，在理解到母親一直在身邊默默支持她后，明日香成了唯一一個具有完備人格的人，精神獨立而強大，不需要補完，因為已經(jīng)沒有什么需要填補的了。網(wǎng)上絕大多數(shù)解說，都理解成了明日香意志強大從LCL之海中率先回到了現(xiàn)實，但是最后到躺在沙灘上的明日香是穿著的是最后場景里的作戰(zhàn)服，而且有一定的破損，說明是在戰(zhàn)斗中生還的，躺的位置在湖邊也是最后的戰(zhàn)場附近。否則，如果是剛才LCL中回歸的話身上是不可能穿衣服的（參考真嗣溶解在駕駛艙后回歸的狀態(tài)）。

從明日香的視角，她完全不知道之后發(fā)生的事情，只是在戰(zhàn)斗中昏迷，醒來后突然被碇真嗣騎在身上，然后被掐住，然后又被一把鼻涕一把淚地弄的自己身上都是，周圍一片汪洋。然后說出了全劇最后的一句臺詞“（這個小垃圾）你真惡心。”