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原創(chuàng)?小果?生信果

最近小果注意到有果粉在提問(wèn)如何做轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)的問(wèn)題，小伙伴們是不是在苦惱預(yù)測(cè)的轉(zhuǎn)錄因子步驟繁瑣？是不是在找一個(gè)可以簡(jiǎn)單粗暴的預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子的數(shù)據(jù)庫(kù)，今天小果就給大家?guī)?lái)一個(gè)實(shí)用又簡(jiǎn)單的轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)。

今天的分享有兩小部分

一部分是ChEA3數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介

另一部分是ChEA3數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)。

一、ChEA3數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介

ChEA3：ChIP-X Enrichment Analysis 3是一種轉(zhuǎn)錄因子富集分析工具，對(duì)與用戶提交的基因集相關(guān)的TF進(jìn)行排名。ChEA3背景數(shù)據(jù)庫(kù)包含從多個(gè)來(lái)源生成的基因集庫(kù)集合，包括來(lái)自RNA-seq研究的TF-基因共表達(dá)，來(lái)自ChIP-seq實(shí)驗(yàn)的TF-target關(guān)聯(lián)，以及從多個(gè)提交的基因列表計(jì)算的TF-基因共存。

數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站為：https://amp.pharm.mssm.edu/ChEA3

二、ChEA3數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)

1.首先我們進(jìn)入ChEA3數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站，它是這樣的

2.輸入需要預(yù)測(cè)的基因，這里我們以預(yù)測(cè)CDK8，TP53和KFBP5這三個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄因子為例，在搜索框中輸入這幾個(gè)基因名，然后點(diǎn)擊提交。

3.等待數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)完成后，會(huì)出現(xiàn)如下的結(jié)果，我們預(yù)測(cè)到的結(jié)果有1632個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，我們直接點(diǎn)擊圖中紅色方框圈住的按鈕，下載為.tsv格式查看。

4.打開(kāi)下載的結(jié)果，查看tsv格式文件。結(jié)果如下，小伙伴可以根據(jù)自己的需求選擇。

好了，今天的分享到這就結(jié)束了，小伙伴有問(wèn)題可以給小果留言或者加關(guān)注來(lái)咨詢小果。

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