爾云間? 一個(gè)專(zhuān)門(mén)做科研的團(tuán)隊(duì)

原創(chuàng)?小果?生信果

小伙伴們好啊，小果今天遇到了見(jiàn)麻煩事，這件事就是小果辛辛苦苦找到了需要的癌癥數(shù)據(jù)集，但是沒(méi)有正常樣本，而小果的這個(gè)分析是離不開(kāi)正常樣本的，那這應(yīng)該怎么辦呢？

小果不能卡在這里啊，于是小果找到了一個(gè)專(zhuān)門(mén)有正常樣本的數(shù)據(jù)庫(kù)，這就是GTEX數(shù)據(jù)庫(kù)

GTEx，全稱(chēng)Genotype-Tissue Expression。這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)和TCGA和ICGC不同的是，TCGA和ICGC更多的還是腫瘤相關(guān)的數(shù)據(jù)，而GTEx收集的是正常人身上的組織來(lái)進(jìn)行的測(cè)序，所以GTEx數(shù)據(jù)庫(kù)包括的就只是 正常人的數(shù)據(jù)。

這個(gè)數(shù)據(jù)集的用處呢，一方面是可以研究正常人不同組織之間的基因表達(dá)的區(qū)別。另外的一個(gè)呢，就是和TCGA聯(lián)合使用。由于TCGA重點(diǎn)收集的還是癌癥組織的數(shù)據(jù)，對(duì)于其正常的數(shù)據(jù)收集的相對(duì)來(lái)說(shuō)較少，由于正常樣本少所以對(duì)于差異表達(dá)的結(jié)果可能就不是很準(zhǔn)確。這個(gè)時(shí)候如果我們把GTEx的數(shù)據(jù)納入進(jìn)來(lái)。這樣分析的結(jié)果就會(huì)準(zhǔn)確一些了。

那么如何獲取數(shù)據(jù)呢，一個(gè)比較簡(jiǎn)便的方法，就是通過(guò)http://xena.ucsc.edu/這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)下載，這里的DATA SETS里有GETX這個(gè)數(shù)據(jù)鏈接。

一般我們需要的是表型和表達(dá)量，我們拿到的數(shù)據(jù)是整個(gè)的數(shù)據(jù)集，里面有各個(gè)組織，需要根據(jù)需要來(lái)選擇。

這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)還是比較簡(jiǎn)單的，把需要的數(shù)據(jù)集文件下載下來(lái)就可以了，USCS Xena有整理好的文件，很是方便。

好了，今天的內(nèi)容就是這樣了，有什么問(wèn)題歡迎來(lái)和小果分享討論啊。

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生信硬核知識(shí)解答

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