# 下載相關R包

> install.packages("devtools")

> library(devtools)

# 上面是下面的依賴包，只有運行了上述代碼，才有以下

> install_github("vqv/ggbiplot")

> library(ggbiplot)

# 設置工作路徑到數據存放的文件夾下

> setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\教程文件夾")

# 讀數據，數據需要提前整理，大家修改文件名

> df = read.csv("pca.csv", header= T,row.names=1)

# 樣本分組，需要大家修改

> group=c(rep("OH",9),rep("OL",9))

# 正式分析代碼

> result <- prcomp(df, scale = TRUE)

# 完成PCA分析

# 畫落石圖

> ggscreeplot(result)

# 作PCA圖

> ggbiplot(result, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups =group, ellipse = TRUE,? ? ? ? ?circle = TRUE, var.axes = F)

# 美化

> ggbiplot(result, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups =group, ellipse = TRUE,? ? ? ? ?circle = TRUE, var.axes = F) + scale_color_brewer(palette = "Set1")? + theme(legend.direction = 'horizontal', legend.position = 'top')