科研代碼分享|生物信息分析之SCI熱門(mén)圖表-火山圖
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真香提示:文末可以知道如何獲取代碼~??
火山圖(volcano)是差異分析中最直觀的可視化方式,通過(guò)火山圖可以直觀的觀察到表達(dá)倍數(shù)的整體分布和差異顯著性的整體分布,因此是做差異分析必備的可視化方式之一。?
利用純生物信息學(xué)分析發(fā)表高分SCI,火山圖是差異分析必不可少的可視化展示方式。如下圖。這是來(lái)自Front Cell Dev Biol的一篇IF > 8分生信文章。


但是具體要如何實(shí)現(xiàn)??? 今天,小編以代碼提供的數(shù)據(jù)為例進(jìn)行說(shuō)明。
代碼具體包括:
Step1 輸入數(shù)據(jù)(我們需要準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù)的三個(gè)信息,一個(gè)是基因列,用于畫(huà)火山圖時(shí)顯示基因的名稱(chēng),一個(gè)是 log2的表達(dá)倍數(shù),一個(gè)是顯著性p值或者FDR(看你的需要選擇))
Step2 R代碼繪制火山圖
下面是代碼中附帶數(shù)據(jù)繪制的火山圖

神奇吧,就是如此簡(jiǎn)單,我們用的都是入門(mén)級(jí)函數(shù),稍微懂點(diǎn)R語(yǔ)言就能實(shí)現(xiàn)。
如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件,請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù) “B14”領(lǐng)??!?

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