想分析外泌體攜帶基因與腫瘤轉(zhuǎn)移、生存預后的關系，只能先做外泌體測序再分析嗎？

一般是這樣滴，但小云這里有絕招，做公共數(shù)據(jù)挖掘+生信分析也能搞定外泌體攜帶基因與腫瘤轉(zhuǎn)移、生存預后分析，想知道怎么做就繼續(xù)往下看吧！

這個思路來源于1篇8+的文章。簡單來說，就是將ExoCarta 數(shù)據(jù)庫中下載的腫瘤外泌體中的mRNA和蛋白與TCGA、GEO數(shù)據(jù)庫分析出來的差異基因取交集，就得到了外泌體相關的 DEGs，篩選出生存預后相關目標基因后進行一波常規(guī)單基因分析，再加上目標基因的表達和功能驗證實驗，這一頓操作下來沒有什么高難度分析和實驗，輕輕松松8+文章就到手了，這可比吭哧吭哧一直做實驗高效多了，省錢還風險低，是不是很哇塞!

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發(fā)表時間：2022年7月

發(fā)表雜志：Journal of translational medicine

影響因子：8.44

文章題目：膀胱癌衍生的外泌體 KRT6B 通過誘導 EMT 和調(diào)節(jié)免疫微環(huán)境促進侵襲和轉(zhuǎn)移

公眾號回復“123”獲取原文

研究背景

腫瘤衍生的外泌體參與不同癌癥過程的形成和進展，包括腫瘤微環(huán)境重塑、血管生成、侵襲、轉(zhuǎn)移和耐藥性。然而，外泌體包裹的核酸和蛋白質(zhì)在膀胱癌（BLCA）中的作用和機制仍不清楚。

數(shù)據(jù)來源

主要結果

1. BLCA 中外泌體 DEG 的鑒定

篩選 TCGA 數(shù)據(jù)集中BLCA 樣本和正常樣本的差異表達基因 (DEG)。將 DEGs 與從 ExoCarta 數(shù)據(jù)庫收集的 BLCA 衍生的外泌體中的基因取交集，獲得了52 個外泌體相關的 DEGs。

圖1 BLCA中52個外泌體包裹基因的差異表達

2. BLCA中top外泌體差異基因的生存分析

通過GEPIA探討了前10個上調(diào)和前10個下調(diào)外泌體差異基因?qū)LCA總體存活率的影響。結果顯示，除 KRT6B 外，其他 9 個上調(diào)的 DEG 與 BLCA 患者的生存率無統(tǒng)計學正相關，KRT6B 的高表達與較短的總生存期 (OS) 相關，并預測預后不良。

圖2 識別差異細胞亞群

3. KRT6B 在 BLCA 中的生物學作用（單基因生信分析）

（1）KRT6B表達分析

通過TIMER2.0網(wǎng)站分析了KRT6B在泛癌和匹配正常組織中的差異表達，并在TCGA 和 GEO 數(shù)據(jù)集 ( GSE166716 ) 驗證了 BLCA 中 KRT6B 的表達高于匹配的正常組織中的表達。最后在HPA 數(shù)據(jù)庫中檢索到的免疫組織化學 (IHC) 染色數(shù)據(jù)集中驗證KRT6B的表達。

圖3 KRT6B 基因的表達分析

（2）KRT6B 表達與 BLCA 臨床特征之間的關系

根據(jù) KRT6B 的表達水平，我們將來自 TCGA 的臨床數(shù)據(jù)分為高表達組和低表達組，進行了單變量 Cox 回歸分析和多變量 Cox 回歸分析。結果表明，KRT6B 的表達、年齡和分期是 BLCA 的獨立預后危險因素，GSE13507數(shù)據(jù)集結果與TCGA一致。

（3）KRT6B 的通路富集分析

基于 TCGA 數(shù)據(jù)庫中 BLCA 樣本的高 KRT6B 表達組和低 KRT6B 表達組進行了 GSEA，結果顯示EMT相關通路的激活與KRT6B的表達呈正相關。又通過TIMER2.0網(wǎng)站探討了KRT6B與EMT生物標志物和免疫反應基因的相關性，結果證明，KRT6B 參與了 BLCA 的 EMT 過程和免疫調(diào)節(jié)。

圖5 KRT6B 表達與 BLCA 中的 EMT 和免疫特征相關

（4）KRT6B 在 BLCA 腫瘤微環(huán)境中的潛在作用

利用 EMTome 數(shù)據(jù)庫和 CIBERSORT 算法從 TCGA 數(shù)據(jù)中展示了 BLCA 中免疫細胞浸潤的情況。根據(jù) KRT6B 的表達，我們將樣本分為兩組，并研究了它們之間免疫細胞的不同分布，并且進一步研究了 KRT6B 與免疫檢查點基因（如 PD-L1）之間的相關性。

圖6 KRT6B 調(diào)節(jié) BLCA 中免疫細胞的浸潤和分布

（5）靶向KRT6B 的藥敏性分析

使用CellMiner數(shù)據(jù)庫評估KRT6B對藥物敏感性的影響，藥物敏感性通過z分數(shù)來衡量，分數(shù)越高表明細胞對藥物治療更敏感。

圖7 KRT6B 表達與藥物敏感性之間的相關性

4. KRT6B 的表達和功能驗證實驗

對 48 對 BLCA 組織樣本和匹配的正常組織樣本進行 qRT-PCR 和 WB以驗證KRT6B 在 BLCA 臨床樣本中的表達，并評估KRT6B 的表達與 BLCA 臨床病理特征之間的關系。在BLCA細胞中干擾KRT6B的表達，檢測KRT6B對BLCA細胞的遷移和侵襲的作用。

圖8 KRT6B促進BLCA細胞遷移和侵襲

文章小結

看完這篇文章有沒有感受到滿滿的驚喜，明明就是一些常規(guī)生信分析手段，也沒有用到單細胞等數(shù)據(jù)，就能發(fā)到8+了。只要你能從ExoCarta和TCGA/GEO數(shù)據(jù)庫中找到你關注的疾病數(shù)據(jù)，那就可以用這個很哇塞的套路（ps：不會找數(shù)據(jù)也沒關系，找小云呀，提供疾病方向就可以，云生信團隊來幫你）套路好不好用，你來試試就知道，小云等你來復現(xiàn)喲！