爾云間? 一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)

原創(chuàng)?小果?生信果

小伙伴們，大家好呀，很高興和大家見(jiàn)面，小果最近看到有伙伴提問(wèn)在做免疫治療預(yù)測(cè)標(biāo)志物時(shí)，需要如何計(jì)算CYT評(píng)分，正好小果前兩天剛做過(guò)，想到這里就迫不及待地想要分享給小伙伴們，這樣小伙伴們就不會(huì)因?yàn)橛?jì)算CYT評(píng)分而苦惱了，接下來(lái)小果就上干貨了，小伙伴們可別眨眼啊，今天的分享分兩步，第一步簡(jiǎn)單了解CYT是什么，第二步，計(jì)算CYT演示。

一、簡(jiǎn)單了解CYT

CYT是免疫細(xì)胞溶解活性，它是一種測(cè)量炎癥的指標(biāo)。它是通過(guò)計(jì)算GZMA 和PRF1表達(dá)(TPM 值)的幾何平均的來(lái)評(píng)估，簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是GZMA 和PRF1表達(dá)的平均值。

二、計(jì)算CYT演示

1.在表達(dá)矩陣中提取GZMA 和PRF1表達(dá)的值，這里呢因?yàn)椴皇桥刻崛。≡凭褪褂煤?jiǎn)單的查找方法得到了兩個(gè)基因的表達(dá)值。當(dāng)然小伙伴在實(shí)際應(yīng)用中遇到的樣本少說(shuō)幾十個(gè)，多則上百，這里小云就為了演示，選取了四個(gè)樣本。

2.使用AVERAGE公式計(jì)算每個(gè)樣本的GZMA 和PRF1基因的均值，比如我們要計(jì)算sample1樣本的CYT評(píng)分，首先在PRF1下添加CYT, sample1計(jì)算得分方法為AVERAGE（B2:B3）,依此類推得到其它樣本的結(jié)果即為CYT評(píng)分。結(jié)果如下所示。

以上就是CYT評(píng)分計(jì)算方法，是不是特別簡(jiǎn)單呢，小果今天的分享就結(jié)束了，小伙伴們快去試試吧。