在基因多態(tài)性meta分析的介紹中，我們認(rèn)識到HWE檢驗(yàn)的作用，那它是怎么計算的呢？

具體計算方法有以下幾種：

一 直接代入公式計算

1 假設(shè)三個基因類型(genotype)實(shí)際頻數(shù)（O）為：

AA：1787；AB：3039；BB：1303；

總數(shù)N=6129。

2 計算等位(allele)基因頻率

F(A) =(1787*2+3039)/(6129*2) = 0.539484418 = p

F(B ) =(1303*2+3039)/ (6129*2) = 0.460515582 = q

3 計算基因型的期望頻率:

AA頻率:?p^2= (0.539484418)^2?= 0.291043437

AB頻率:?2pq= 2*0.539484418*0.460515582 = 0.496881961

BB頻率:?q^2= (0.460515582)^2?= 0.212074601

4 計算基因型頻數(shù)的期望值（E）：

AA期望值 : p^2*N = 0.291043437?* 6129 =1783.805

AB期望值 : 2pqN = 0.496881961 * 6129 = 3045.390

BB期望值 : q^2*N = 0.212074601?* 6129 =1299.805

5 通過檢驗(yàn)評估基因型的實(shí)際頻數(shù)與期望值是否存在顯著差異

卡方值的計算公式如下：

X2=∑(O-E)^2/E=(1783.805-1787)^2/1783.805+(3045.390-3039)^2/3045.390+(1299.805-1303)^2/1299.805=0.027

按自由度＝1，查卡方檢驗(yàn)的界值表，P = 0.8695 >0.05，因而不能認(rèn)為這兩組數(shù)據(jù)有顯著性差別，也即該樣本達(dá)到了遺傳平衡。

二 借助于軟件

1 STATA軟件

Stata計算HWE需要輸入兩組（病例組和對照組）數(shù)據(jù)，假設(shè)病例組的基因型頻率（AA、AB、BB）為1534、3085、1531；對照組對應(yīng)的數(shù)據(jù)為1787、3039、1303。

在Stata中輸入以下命令

genhwcci 1534 3085 1531 1787 3039 1303

注意，首次運(yùn)行前要先安裝genhwcci，運(yùn)行以下命令安裝：

ssc install genhwcci

結(jié)果如圖1所示：從結(jié)果中發(fā)現(xiàn)，軟件給出了三種計算HWE檢驗(yàn)的方法，結(jié)果相差無幾，我們只要取其中一種就可以了。前兩種方法與手動計算的結(jié)果一致，卡方值為0.027，P = 0.8695 >0.05。

今天的分享就到這了，meta分析學(xué)習(xí)過程，我們會碰到各式各樣的問題，如果你想更快、更高效地掌握meta分析，早日發(fā)表SCI，請不要錯過爾云間的meta分析培訓(xùn)班！