蛋白質(zhì)質(zhì)譜分析技術(shù)根據(jù)質(zhì)譜檢測的直接對象可以分為“自上而下”、“自中而下”以及“自下而上”三種策略?！白陨隙隆辈呗灾苯臃治鐾暾牡鞍踪|(zhì)；“自中而下”和“自下而上”策略都是通過質(zhì)譜分析蛋白質(zhì)酶解消化得到的肽段進(jìn)而實(shí)現(xiàn)完整蛋白質(zhì)的分析，“自中而下”策略可以分析的肽段長度范圍比“自下而上”策略稍大一些。

蛋白酶切后質(zhì)譜檢測屬于傳統(tǒng)的“自中而下”或“自下而上”策略范疇，在這種分析方法中，通常選擇多種不同的蛋白酶對蛋白質(zhì)進(jìn)行多重酶解，經(jīng)過肽段之間的拼接完成蛋白序列100%的測定。通過質(zhì)譜鑒定酶解得到的肽段來實(shí)現(xiàn)完整蛋白質(zhì)分析的策略是目前最成熟的蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法，廣泛用于各種蛋白質(zhì)的定性定量表征、蛋白質(zhì)翻譯后修飾鑒定以及蛋白質(zhì)相互作用研究等，常見的Label Free、TMT、SILAC以及iTRAQ等都是通過研究肽段來實(shí)現(xiàn)完整蛋白含量鑒定的技術(shù)。