最近，有各種CNS大佬文章背書(shū)的細(xì)胞衰老，火了！

腫瘤和非腫瘤疾病都陸續(xù)有生信文章發(fā)表出來(lái)了；非腫瘤疾病的稍微少一些，腫瘤的會(huì)多一些，并且預(yù)后模型、泛癌等思路都已經(jīng)發(fā)表了。

那現(xiàn)在腫瘤中細(xì)胞衰老的生信該從哪里切入呢？

這可是問(wèn)到小云的老本行了——找思路切入點(diǎn)。既然很多都是在做腫瘤的進(jìn)展、預(yù)后和分型，那我們就換個(gè)思路嘛，腫瘤還是有很多研究方向的，比如轉(zhuǎn)移、復(fù)發(fā)、耐藥····

換個(gè)疾病研究方向，是不是能柳暗花明又一村呢？

pubmed上一查便知，哦吼，非常少啊，22年新文章就看到1篇?，純純的生信發(fā)文洼地呀！遇到這種情況，我們要怎么做呢？

當(dāng)然是抓住機(jī)會(huì)沖一波呀，朋友們，機(jī)不可失時(shí)不再來(lái)，趁著熱度趕緊上車(chē)，一把就能占領(lǐng)生信發(fā)文高地！pubmed上一查便知，哦吼，非常少啊，22年新文章就看到1篇?，純純的生信發(fā)文洼地呀！遇到這種情況，我們要怎么做呢？

當(dāng)然是抓住機(jī)會(huì)沖一波呀，朋友們，機(jī)不可失時(shí)不再來(lái)，趁著熱度趕緊上車(chē)，一把就能占領(lǐng)生信發(fā)文高地！

光說(shuō)不行，直接用剛說(shuō)到的1篇22年8分+生信文章打個(gè)樣！利用細(xì)胞衰老相關(guān)基因建立轉(zhuǎn)移預(yù)測(cè)模型，并且跟生化復(fù)發(fā)、放療抵抗、藥物敏感性都進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析， 8分+純生信文章直接一把拿下?。ㄟ@擱東北就叫一鍋出，把好東西都擱一鍋燉，相當(dāng)好吃啊。這篇文章也一樣，把復(fù)發(fā)、轉(zhuǎn)移、耐藥都關(guān)聯(lián)在一起分析，分?jǐn)?shù)不高都難）

?文章題目：預(yù)測(cè)前列腺癌轉(zhuǎn)移和放射抗性的細(xì)胞衰老基因預(yù)后指數(shù)

發(fā)表雜志：J Transl Med

影響因子：IF=8.44

發(fā)表時(shí)間：2022年6月

研究背景

在衰老的前列腺中已經(jīng)鑒定出衰老細(xì)胞，并且衰老相關(guān)的分泌表型可能與前列腺癌(PCa)相關(guān)。本研究旨在建立細(xì)胞衰老相關(guān)基因預(yù)后指數(shù)(CSGPI)來(lái)預(yù)測(cè)前列腺癌的轉(zhuǎn)移和放射抗性。

數(shù)據(jù)來(lái)源

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研究流程

使用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)鑒定差異表達(dá)基因(DEGs)和腫瘤相關(guān)基因。細(xì)胞衰老相關(guān)基因從GeneCards數(shù)據(jù)庫(kù)獲得，對(duì)腫瘤相關(guān)基因、DEGs和細(xì)胞衰老相關(guān)基因進(jìn)行交叉分析，以確定候選基因。在GSE116918數(shù)據(jù)集中使用Lasso和Cox回歸分析來(lái)建立與轉(zhuǎn)移相關(guān)的CSGPIs，隨后進(jìn)行臨床相關(guān)性、外部驗(yàn)證、功能富集分析、藥敏性分析以及腫瘤免疫環(huán)境分析。

主要結(jié)果

1、CSGPI的建立及其臨床價(jià)值評(píng)估

通過(guò)腫瘤相關(guān)基因、DEGs和細(xì)胞衰老相關(guān)基因的交叉檢測(cè)到64個(gè)候選基因（圖1C）。在GSE116918中鑒定預(yù)后基因并通過(guò)Lasso和Cox回歸分析確定ALCAM和ALDH2是獨(dú)立的預(yù)后基因，進(jìn)一步建立了CSGPI評(píng)分。根據(jù)CSGPI評(píng)分的中位數(shù)將患者分為高/低風(fēng)險(xiǎn)組，證實(shí)CSGPI評(píng)分可以作為無(wú)轉(zhuǎn)移生存(MFS) 和生化復(fù)發(fā)后(BCR)的MFS的獨(dú)立危險(xiǎn)因素（圖1F）。高風(fēng)險(xiǎn)組的患者比低風(fēng)險(xiǎn)組的患者有更高的BCR風(fēng)險(xiǎn)（圖1K）

在訓(xùn)練集和驗(yàn)證集中進(jìn)行KM生存分析和ROC曲線構(gòu)建，證明高風(fēng)險(xiǎn)患者有更高的轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)（不論是MFS還是BCR后的MFS）（圖2A, B），并且CSGPI評(píng)分對(duì)MFS和BCR后的MFS有比較好的診斷準(zhǔn)確性（圖2D, F）。此外，CSGPI在區(qū)分放射抗性和非放射抗性方面具有較高的診斷準(zhǔn)確性（圖2J）。最后發(fā)現(xiàn)lncRNA PART1與MFS密切相關(guān)，并且可能通過(guò)與75種可能的miRNAs相互作用來(lái)調(diào)節(jié)ALCAM和ALDH2的表達(dá)，進(jìn)一步建立了ceRNA網(wǎng)絡(luò)（圖2N）。

2、功能富集分析

對(duì)64個(gè)候選基因進(jìn)行GO（圖3A）、KEGG（圖3B）、GSEA（圖3D）富集分析。

3、TME、藥敏性分析

對(duì)免疫檢查點(diǎn)基因與CSGPI評(píng)分進(jìn)行Spearman相關(guān)性分析（圖4D）。使用了Xcell算法來(lái)分析TME中的免疫浸潤(rùn)細(xì)胞（圖4E）。通過(guò)GSCALite分析了ALCAM和ALDH2的藥物敏感性（圖4I）

文章小結(jié)

文章雖然用的數(shù)據(jù)集很多，但分析套路還是比較簡(jiǎn)單的吧，僅用4張圖就打造出了1篇8分+的純生信文章，性價(jià)比很高啊。并且細(xì)胞衰老在腫瘤復(fù)發(fā)、轉(zhuǎn)移、耐藥方向中的生信分析還非常少，也就是說(shuō)讓你去發(fā)揮的空間相當(dāng)大喲，只要能找到腫瘤復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移耐藥相關(guān)的公共數(shù)據(jù)就能完美復(fù)現(xiàn)啦！在這個(gè)生信內(nèi)卷的大環(huán)境下，抓住機(jī)會(huì)及時(shí)變現(xiàn)成文章才是王道，看到就不要錯(cuò)過(guò)啦！

選分析方向可以從最新發(fā)表文獻(xiàn)入手，當(dāng)然最便捷的方法當(dāng)然還是持續(xù)關(guān)注小云公眾號(hào)中的生信思路推薦，想定制創(chuàng)新性思路歡迎直接call小云。