cytoscape網(wǎng)絡(luò)圖2D轉(zhuǎn)3D插件cy3d

2022-12-11 22:21 作者:微生信課堂 0人讀過 | 我要投稿

Cytoscape是我們?nèi)粘?shù)據(jù)分析中最常用的網(wǎng)絡(luò)圖繪制神器。今天小編給大家推薦一款2D轉(zhuǎn)3D插件 -- cy3d。

圖1. 3D網(wǎng)絡(luò)圖

Cy3d安裝Cytoscape插件的安裝非常簡單。打開Cytoscape，然后在主菜單欄選擇App->App Manager，然后在彈出的窗口中搜索cy3d，選中后安裝即可。

圖2. Cy3D插件安裝

當(dāng)中間的Cy3D后邊出現(xiàn)（Installed）后，即安裝成功。

簡單使用

1，edge示例數(shù)據(jù)

首先我們從頭創(chuàng)建一個網(wǎng)絡(luò)。打開excel，在excel中輸入如圖3的數(shù)據(jù)。也支持txt文件。

圖3. edge示例數(shù)據(jù)

2，導(dǎo)入edge文件并生成圖

點(diǎn)擊第4個按鈕（紅色框線），瀏覽并導(dǎo)入創(chuàng)建的edge文件。

圖4. 導(dǎo)入edge文件按鈕

圖5. 瀏覽并選擇edge文件

然后選擇Cy3D renderer，并設(shè)置node1為source節(jié)點(diǎn)，node2默認(rèn)為target節(jié)點(diǎn)，然后點(diǎn)擊確定即可生成3D網(wǎng)絡(luò)圖。

圖6. 設(shè)置source和target

圖7. 3D網(wǎng)絡(luò)圖

3，設(shè)置屬性，并美化

網(wǎng)絡(luò)圖最重要的步驟就是美化。細(xì)節(jié)的美化對于網(wǎng)絡(luò)圖來格外關(guān)鍵，因?yàn)槟J(rèn)導(dǎo)進(jìn)來的圖一般是不能直接在文章中使用的。

Cytoscape提供了眾多參數(shù)對網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行微調(diào)。

圖8. 屬性調(diào)整參數(shù)

Node tab所屬為節(jié)點(diǎn)屬性，用來控制節(jié)點(diǎn)相關(guān)的參數(shù)，包括節(jié)點(diǎn)顏色(color)、節(jié)點(diǎn)大?。╳idth、height）、label顏色文字等。其中左側(cè)紅色方框所示為全局參數(shù)，用來控制所有節(jié)點(diǎn)。中間綠色方框所示為mapping屬性，即根據(jù)某一特征，例如導(dǎo)入的node節(jié)點(diǎn)的分類屬性，進(jìn)行批量設(shè)置。右側(cè)藍(lán)色方框所示為局部參數(shù)，即選中某些節(jié)點(diǎn)后，單獨(dú)設(shè)置這些節(jié)點(diǎn)的參數(shù)。