不會(huì)使用MSigDB數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)？快來看這這里
爾云間 一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)
???
不知道小伙伴們有沒有知道要下載的數(shù)據(jù)名稱卻不知道在哪下手，或者知道是哪個(gè)數(shù)據(jù)庫但是就是不會(huì)使用的尷尬境地，生信分析的數(shù)據(jù)庫更是多種多樣，最近小果觀察到有小伙伴不會(huì)使用MSigDB數(shù)據(jù)庫下載想要的數(shù)據(jù)，今天小果來教大家使用MSigDB數(shù)據(jù)庫進(jìn)行數(shù)據(jù)下載。
今天的分享有兩小部分
一部分是簡單認(rèn)識(shí)MSigDB數(shù)據(jù)庫
另一部分是使用MSigDB數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)。
一、簡單認(rèn)識(shí)MSigDB數(shù)據(jù)庫
MSigDB全稱為The Molecular Signatures Database，中文翻譯過來是分子標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫，是一個(gè)由數(shù)萬個(gè)注釋基因集的資源，用于GSEA軟件，分為人類和鼠的集合。
二、使用MSigDB數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)
小果以下載內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)基因集為例，進(jìn)行下載演示
GOBP_RESPONSE_TO_ENDOPLASMIC_RETICULUM_STRESS
1.進(jìn)入MSigDB官網(wǎng)，網(wǎng)址為：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb，看到下圖呢就是進(jìn)入到了MSigDB數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站。
2.點(diǎn)擊search，在search頁面,此時(shí)會(huì)出現(xiàn)一個(gè)登錄頁面，需要填寫郵箱進(jìn)行登錄。在這里小果使用自己的郵箱進(jìn)行登錄，小伙伴們可以填寫自己的郵箱進(jìn)行登錄，但前提是已經(jīng)在此數(shù)據(jù)庫中注冊(cè)過才可以。
3.輸入郵箱登錄后，就能正常進(jìn)入search頁面，正常頁面是這樣的。
此時(shí)我們?cè)?strong>Keywords下的搜索框中輸入要查找的基因集名稱，在這里小果輸入GOBP_RESPONSE_TO_ENDOPLASMIC_RETICULUM_STRESS，點(diǎn)擊search，進(jìn)行查找。
4.查詢結(jié)果頁面如下
點(diǎn)擊基因集名稱，進(jìn)入基因集詳情頁面，點(diǎn)擊Download gene set條目，下載格式有g(shù)rp、gmp、xml、json和TSV metadata，這里小伙伴可以選擇xml和TSV metadata兩種格式，都可以用excel打開，這里小果下載TSV metadata格式，數(shù)據(jù)就自動(dòng)下載到本地了。
5.打開下載的文件，結(jié)果是這樣的：
好了，到這里呢小果的MSigDB數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)下載演示就到此結(jié)束了，小伙伴快去試試看吧。
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