從UCSC下載TCGA數(shù)據(jù)
爾云間一個(gè)專(zhuān)門(mén)做科研的團(tuán)隊(duì)
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1. UCSC網(wǎng)址訂制
網(wǎng)址：https://xenabrowser.net/
2.選擇DATA SETS ，出現(xiàn)所有數(shù)據(jù)集。
3.選擇Pan-Cancer (PANCAN) (41datasets)，得到所有信息。
4.各種數(shù)據(jù)下載(包括表達(dá)量，臨床信息，突變信息等）。
TPM下載：
wget? https://toil-xena-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/tcga_RSEM_gene_tpm.gz
下載phenotype
wget? https://tcga-pancan-atlas-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/TCGA_phenotype_denseDataOnlyDownload.tsv.gz
下載分期
wget https://tcga-pancan-atlas-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/Survival_SupplementalTable_S1_20171025_xena_sp
下載突變信息
wget https://tcga-pancan-atlas-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/mc3.v0.2.8.PUBLIC.xena.gz
ID和Gene symbol對(duì)應(yīng)列表下載
wget https://toil.xenahubs.net/download/probeMap/gencode.v23.annotation.gene.probemap
注：最終下載了所需要的各種數(shù)據(jù)類(lèi)型，數(shù)據(jù)在通過(guò)服務(wù)器下載會(huì)比較快。
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