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檢測SNV: calling, consolidate, filter(VQSR/hard filter)
Note: 2013以前HaplotypeCaller還沒完全開發(fā)好，用UnifiedGenotyper較多；目前作者推薦使用HaplotypeCaller，在indel檢測上更準確。
Call variants per-sample with?HaplotypeCaller?(in GVCF mode)
java -jar $GATK \
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