氫氘交換質(zhì)譜（hydrogen deuterium exchange mass spectrometry, HDX MS）是一項(xiàng)研究蛋白質(zhì)空間構(gòu)象的質(zhì)譜技術(shù)。這項(xiàng)技術(shù)的主要原理是將蛋白質(zhì)置于重水溶液中，蛋白質(zhì)表面的氫原子與重水里的氘原子發(fā)生互換，發(fā)生互換后的蛋白質(zhì)經(jīng)過(guò)酶切產(chǎn)生多肽片段，質(zhì)譜鑒定肽段的質(zhì)量：位于蛋白表面的多肽相比位于蛋白內(nèi)部的多肽更容易發(fā)生氫氚原子交換因而質(zhì)量增加，由此來(lái)推測(cè)蛋白質(zhì)表位構(gòu)象。此外，氫氘交換質(zhì)譜還可用于研究蛋白結(jié)構(gòu)動(dòng)態(tài)變化、蛋白間相互作用位點(diǎn)、以及鑒別蛋白表面活性位點(diǎn)等應(yīng)用。

氫氘交換質(zhì)譜能夠快速研究溶液中天然蛋白中位于蛋白表面的氨基酸序列，所以在研究蛋白動(dòng)態(tài)表位活性位點(diǎn)上有著廣泛的應(yīng)用。由于氫氘交換質(zhì)譜借助氫氘原子交換的原理，氫氘原子回交會(huì)對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的精準(zhǔn)性造成很大的影響，因此避免氫氘原子回交至關(guān)重要。目前控制氫氘原子回交主要通過(guò)縮短液質(zhì)分析時(shí)間以及把溫度和pH始終控制在最低回交反應(yīng)系數(shù)的范圍內(nèi)。