大家好！我是BioLadder生物信息在線可視化云平臺的工程師小宇，今天我來給大家分享怎樣用BioLadder在線計算蛋白質(zhì)理化性質(zhì)！

?如果您反饋問題，報告Bug，提出新的需求，請直接在公眾號內(nèi)發(fā)留言給我哦！為感謝您對BioLadder的認可我們還有星爸爸同款收納包相贈哦！小宇先謝謝大家嘍！

1.什么是蛋白質(zhì)理化性質(zhì)？

蛋白質(zhì)理化性質(zhì)即蛋白的物理化學(xué)性質(zhì)，主要包括長度，分子量，等電點，疏水性。長度和分子量：即蛋白肽段的氨基酸個數(shù)，和分子質(zhì)量。等電點：等電點是一個分子表面不帶電荷時的pH值。疏水性：疏水性指的是一個分子與水互相排斥的物理性質(zhì)。本文我們就來討論一下怎樣用BioLadder做蛋白理化性質(zhì)計算。

2.繪圖前的數(shù)據(jù)準備

demo數(shù)據(jù)可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/new/physicochemical/1.fasta下載。

只支持fasta格式的文件。

在?fasta?文件當(dāng)中，每一個序列由以下兩部分組成：

1.序列的特征性?ID，“>”大于號開頭后跟描述信息。

2.具體的蛋白序列。

3. BioLadder生信云平臺在線計算蛋白質(zhì)理化性質(zhì)

不想寫代碼？可以用BioLadder生信云平臺在線計算蛋白理化性質(zhì)。

網(wǎng)址：https://www.bioladder.cn/web/#/chart/74

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3.1?上傳文件

點擊“上傳”按鈕上傳自己的文件，上傳完成后會在下方實時的展現(xiàn)出來。只支持蛋白fasta格式的文件。上傳完數(shù)據(jù)后，理化性質(zhì)計算完會在下方顯示。

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3.2?調(diào)整參數(shù)

本工具為實時性展示模塊，圖片為動態(tài)可交互圖片?？梢詫⑹髽颂摳〉綀D片上面，獲得一些交互信息。??分為多少塊：頻率分布直方圖分為多少個區(qū)間。?

3.3?提交查看

點擊數(shù)據(jù)旁邊的下載按鈕，可以下載xlsx格式的結(jié)果文件。點擊圖片旁邊的下載按鈕，可以下載html格式的圖片結(jié)果。

4.BioLadder生物信息在線分析可視化云平臺

網(wǎng)址：https://www.bioladder.cn/BioLadder

目前上線了生物學(xué)分析最常用的50多個模塊，主要包括以下四類：

數(shù)據(jù)可視化：箱線圖，南丁格爾玫瑰圖，韋恩圖，UpSet圖，餅圖，詞云圖，小提琴圖，餅圖/甜甜圈圖，弦圖，柱形圖等

組學(xué)數(shù)據(jù)分析：序列的多重比對，表達數(shù)據(jù)的CV曲線圖，餅圖/甜甜圈圖，T-SNE，熱圖，趨勢分析的mFuzz，差異分析的火山圖，富集分析的氣泡圖，修飾位點上下游模體分析的seqLogo，Motif熱圖等

功能分析：GO弦圖，相互作用網(wǎng)絡(luò)圖，富集分析

數(shù)據(jù)預(yù)處理：歸一化，補值，F(xiàn)DR校正，長寬表互換等

好了蛋白理化性質(zhì)的計算就到這里了，后續(xù)大家想要了解什么內(nèi)容可以給我們評論反饋，我們會根據(jù)大家的意見持續(xù)更新。我們歡迎您以任何方式提出您的優(yōu)化意見，使BioLadder平臺成為廣大科研工作者的生物信息分析首選平臺！