前言

　　在用Gaussian對分子做結(jié)構(gòu)優(yōu)化之前，可以先用“Clean”功能“預(yù)優(yōu)化”自己繪制的結(jié)構(gòu)，這樣可以大大減少后續(xù)計算量。

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1. 操作實例

　　以色氨酸（Trp）為例，用“Biological Fragment”功能繪制結(jié)構(gòu)并補全殘基之后：

　　右擊——Edit——Clean

　　則如圖1左側(cè)結(jié)構(gòu)就變成了右側(cè)結(jié)構(gòu)，可以看出結(jié)構(gòu)發(fā)生了變形。可以多點幾次“Clean”進行優(yōu)化。

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2. Materials Studio的相同功能

　　MS軟件同樣也有“Clean”功能，如圖2所示。同樣的，可以多點幾次“Clean”直至構(gòu)型不再發(fā)生明顯改變。