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Med | 武漢大學(xué)胡爭團隊構(gòu)建新的CRISPR脫靶檢測模型,能夠快速建立脫靶預(yù)測

2023-07-05 10:52 作者:北科醫(yī)藥  | 我要投稿

CRISPR基因組編輯在臨床轉(zhuǎn)化中具有巨大潛力。然而,非特異性作用一直是一個主要關(guān)注點。

2023年6月5日,武漢大學(xué)胡爭團隊在Med(IF=17)在線發(fā)表題為“Massively parallel CRISPR off-target detection enables rapid off-target prediction model building”的研究論文,該研究基于AID-seq,開發(fā)了一種混合策略,可以同時識別多個gRNA的靶向和非靶向效應(yīng),并利用混合的人類和人乳頭瘤病毒(HPV)基因組來篩選416個HPV gRNA候選的最有效和安全的靶標,用于抗病毒治療。

該研究還使用了2069個單導(dǎo)RNA(sgRNA)的混合策略,以大約500個為一組的規(guī)模來分析新發(fā)現(xiàn)的CRISPR工具FrCas9的特性。重要的是,該研究通過CRISPR-Net深度學(xué)習(xí)方法成功構(gòu)建了一個非靶向檢測模型,使用這些非靶向數(shù)據(jù)(接收者操作特征曲線下的面積[AUROC] = 0.97,精確率-召回率曲線下的面積[AUPRC] = 0.29)??傊?strong>AID-seq是迄今為止最敏感和特異的體外脫靶檢測方法,而AID-seq策略可以作為一個快速、高通量的平臺來選擇最佳的sgRNA并表征新CRISPR的特性。




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