????2022年了，沒想到還需要將SSR分子標(biāo)記的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為0，1數(shù)據(jù)進(jìn)行處理分析。畢竟現(xiàn)行農(nóng)業(yè)品種鑒定標(biāo)準(zhǔn)還是使用SSR標(biāo)記進(jìn)行分析【落淚，何時(shí)可以踏入SNP或重測序領(lǐng)域】。

????目的：將分子量數(shù)值轉(zhuǎn)化為二元型的0，1數(shù)據(jù)矩陣。分子量數(shù)值舉例：80/80、120/124、50/56等。不同大小的片段數(shù)據(jù)，主要針對(duì)SSR分子標(biāo)記對(duì)個(gè)體基因型的鑒定。

????解決思路：使用R對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理。原始數(shù)據(jù)讀取→分析分子標(biāo)記等位變異數(shù)n→將其轉(zhuǎn)化為0，1數(shù)據(jù)矩陣。

????解決方法：

1.????原始數(shù)據(jù)讀取。

數(shù)據(jù)如下。每一行為一個(gè)個(gè)體的單倍型，每一列為同一分子標(biāo)記在不同個(gè)體中的等位變異。其中包含缺失數(shù)據(jù)"?/?"

2.提取每一列的數(shù)據(jù)，進(jìn)行位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)并轉(zhuǎn)化。

R中直接查看數(shù)據(jù)是這種類型的。

輸出的txt格式文件內(nèi)容為：

*這里有個(gè)問題就是直接輸出.csv格式，數(shù)據(jù)前方的0會(huì)消失，修改成文本格式也調(diào)不出來。不過因?yàn)槭侵虚g工程文件，也沒有什么大關(guān)系。

3.最后的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化。

等待后續(xù)分析……

添加一個(gè)自動(dòng)運(yùn)行該R文件的bat文本。

????*加一個(gè)pause看運(yùn)行情況，注意運(yùn)行路徑不可有中文。

局限性：

????1.本代碼不適用于同一個(gè)體一個(gè)標(biāo)記處三個(gè)等位變異。→若同一標(biāo)記處含三個(gè)等位變異則需在function中再添加一個(gè)變量，后邊依次修正。

總結(jié)：

????一開始忘記加載dplyr包，使用filter清洗數(shù)據(jù)一直NA報(bào)錯(cuò)，后邊才發(fā)現(xiàn)。標(biāo)記等位基因個(gè)數(shù)的統(tǒng)計(jì)卡殼了將近一周。菜狗落淚。

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*上邊代碼注釋太多，容易抄錯(cuò)，放上簡潔一點(diǎn)的。