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育種遺傳參數(shù)評(píng)估與全基因組選擇究竟在講什么?

2023-04-03 14:30 作者:vsnc軟件  | 我要投稿

隨著大數(shù)據(jù)育種時(shí)代的來臨,如何高效地分析育種數(shù)據(jù),準(zhǔn)確地進(jìn)行遺傳評(píng)估對(duì)育種工作者來說至關(guān)重要。對(duì)于不同的數(shù)據(jù),如何選擇合適的模型,如何進(jìn)行基因組選擇分析,如何計(jì)算育種值和近交系數(shù),如何選種選配等內(nèi)容都是育種單位迫切需求的知識(shí),通過本次培訓(xùn),您可以得到一套完整的解決方案。

ASReml軟件是國際知名的遺傳評(píng)估軟件,專門用于海量數(shù)據(jù)的混合模型分析,并可估算許多重要的遺傳參數(shù)。新版本ASReml-R V4和ASReml-SA更適合大數(shù)據(jù)的基因組選擇分析,計(jì)算效率高,模型豐富,操作簡單,在國際上應(yīng)用廣泛。

核心和亮點(diǎn)

※ 內(nèi)容涵蓋數(shù)量遺傳學(xué)常見模型:半同胞全同胞模型、個(gè)體動(dòng)物模型、單性狀模型、多性狀模型、閾值性狀模型等;

※ 高效育種實(shí)戰(zhàn)模塊:包括批量處理單性狀模型、批量計(jì)算遺傳相關(guān)和表型相關(guān)、計(jì)算遺傳進(jìn)展和綜合育種值等;

※ GWAS分析模塊:本次培訓(xùn)將使用最新的免費(fèi)R包ASRgwas,處理二分類性狀的廣義混合線性模型(GLMM),支持多個(gè)隨機(jī)因子,考慮顯性模型和上位模型,功能強(qiáng)大,結(jié)果可靠;

※ 基因組選擇模塊:單性狀GBLUP和一步法,多性狀GBLUP和一步法,rrBLUP和貝葉斯方法,結(jié)果形式包括模型評(píng)價(jià)和交叉驗(yàn)證等。


詳細(xì)內(nèi)容

一、R語言與數(shù)量遺傳學(xué)

? R語言及R包安裝配置

? 讀取數(shù)據(jù)和清洗數(shù)據(jù)

? 數(shù)據(jù)匯總統(tǒng)計(jì)和建模分析

? 數(shù)量遺傳學(xué)基礎(chǔ)與混合線性模型介紹

? 半同胞全同胞模型

? 動(dòng)物模型(Animalmodel)

? 計(jì)算遺傳力及標(biāo)準(zhǔn)誤

? 計(jì)算BLUP的準(zhǔn)確性和可靠性


二、數(shù)量遺傳學(xué)常用模型

?? 重復(fù)力模型分析??

???窩別效應(yīng)模型分析

???母體效應(yīng)模型分析??

?? 閾值性狀模型分析


三、數(shù)量遺傳學(xué)進(jìn)階模型

???環(huán)境相關(guān)(TypeB相關(guān))

? 連續(xù)和連續(xù)性狀模型分析

? 閾值和連續(xù)性狀模型分析

? 閾值和閾值性狀模型分析


四、育種數(shù)據(jù)分析高效實(shí)戰(zhàn) ?

? 批量計(jì)算單性狀模型

? 批量計(jì)算遺傳相關(guān)和表型相關(guān)

? 如何計(jì)算綜合育種值和遺傳進(jìn)展


五、全基因組選擇(GWAS)

? GWAS原理介紹及數(shù)據(jù)分析

? ASRgwas軟件包實(shí)戰(zhàn)

? 連續(xù)性狀GWAS分析及可視化

? 閾值性狀GWAS分析及可視化


六、全基因組選擇(GS)

? 全基因組選擇介紹

? 基因型數(shù)據(jù)清洗

? 對(duì)基因型數(shù)據(jù)可視化:PCA和熱圖

? 如何構(gòu)建A矩陣,G矩陣及H矩陣

? GS模型:單性狀GBLUP和多性狀GBLUP

? GS模型:單性狀ssGBLUP和多性狀ssGBLUP

? 交叉驗(yàn)證及模型評(píng)價(jià)

? rrBLUP和貝葉斯方法演示


看一下有沒有您所感興趣的內(nèi)容?你也想進(jìn)行育種遺傳參數(shù)評(píng)估和全基因組選擇分析么?那不妨學(xué)習(xí)以上內(nèi)容。

俗話說工欲善其事必先利其器,趕快加入學(xué)習(xí)隊(duì)伍吧!

育種遺傳參數(shù)評(píng)估與全基因組選擇究竟在講什么?的評(píng)論 (共 條)

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