上一篇推文主要介紹了一下Multi-omicsHammer軟件具有哪些功能，本篇就從菜單上的第一個(gè)功能開(kāi)始介紹吧。

先介紹一下開(kāi)發(fā)這個(gè)比對(duì)（Aligment）功能的初衷吧。還記得剛開(kāi)始進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)這樣一些情況。比如，通過(guò)某項(xiàng)分析得出了大約幾百個(gè)差異基因，而這幾百個(gè)差異基因的信息包含在另外上千個(gè)基因的數(shù)據(jù)庫(kù)中。那么，如何快速有效的找出這幾百個(gè)差異基因的信息呢？是通過(guò)excel一個(gè)個(gè)的檢索，還是通過(guò)寫命令去查找呢？首先，通過(guò)excel一個(gè)個(gè)去檢索也不失為一條可行的方法，但是會(huì)消耗大量的時(shí)間，可能還會(huì)導(dǎo)致疏漏。其次，寫命令去查找，這條途徑無(wú)疑是最快的，也是最直接的。但是這一過(guò)程需要有一定的編程基礎(chǔ)（一些簡(jiǎn)單的命令）。另外，也需要在命令行下操作，不夠方便。因此，針對(duì)這一現(xiàn)象，本軟件主要開(kāi)發(fā)了Aligment菜單，用來(lái)這一過(guò)程簡(jiǎn)化。下面，便介紹如何使用這一軟件進(jìn)行比對(duì)（Aligment）分析。

一、我們需要先打開(kāi)‘Daily work’選項(xiàng)，選擇其中Aligment菜單，如圖1所示。

那么，我們就可以看見(jiàn)我們的Aligment對(duì)話框了（圖2）。這一對(duì)話框運(yùn)算部分提供了三個(gè)選項(xiàng)。首先是‘is save’選項(xiàng)，這個(gè)選項(xiàng)是用來(lái)表明是否保存數(shù)據(jù)；其次是‘simple alig?’選項(xiàng)，這一選項(xiàng)則表明是否僅用對(duì)話框中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)進(jìn)行運(yùn)算（如果不勾選，則使用拖入到比對(duì)文件對(duì)話框的文件內(nèi)容進(jìn)行運(yùn)算）。需要注意的是對(duì)于一些用戶而言，可能只是簡(jiǎn)單看一下結(jié)果，沒(méi)有必要特意生成兩個(gè)文件（比對(duì)文件和背景文件）。因此，僅使用這個(gè)‘simple alig?’選項(xiàng)，我們可以將數(shù)據(jù)直接輸入到比對(duì)文件對(duì)話框和背景文件對(duì)話框中即可。注意：這兩個(gè)對(duì)話框如果直接將文件拖入，則會(huì)直接讀取文件的內(nèi)容，并展示前100行的數(shù)據(jù)。而結(jié)果文件對(duì)話框則只會(huì)顯示文件的路徑。因?yàn)?，已?jīng)提供了結(jié)果預(yù)覽部分。最后，最重要的選項(xiàng)就是‘a(chǎn)lig’選項(xiàng)了，點(diǎn)擊后即可直接進(jìn)行運(yùn)算。除了上述選項(xiàng)外，本對(duì)話框的其他部分也將以行為主進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。

Alig方法：可以選擇自動(dòng)比對(duì)（Automatic_aligment）或者扣除（Deduction）的方法。

比對(duì)文件：需要獲得信息的幾百個(gè)差異基因。

比對(duì)文件用于比對(duì)的列：這些差異基因的ID號(hào)（或者其他唯一特征）。

比對(duì)文件用于不同列之間分割符號(hào)：怎么分割每一行不同的數(shù)據(jù)。

背景文件：數(shù)據(jù)框中幾千個(gè)基因的信息。

背景文件用于比對(duì)的列：與比對(duì)文件對(duì)等的唯一特質(zhì)。

背景文件用于不同列之間分割符號(hào)：怎么分割每一行不同的數(shù)據(jù)。

結(jié)果預(yù)覽：預(yù)覽輸出結(jié)果。

結(jié)果文件輸出：輸出結(jié)果的文件。

沒(méi)有比對(duì)上填充空值的數(shù)量：如果這些基因沒(méi)有在數(shù)據(jù)框中檢索到，需要使用填空多少個(gè)‘no hit’值。因?yàn)榇蠖鄶?shù)同學(xué)應(yīng)該都是用excel進(jìn)行數(shù)據(jù)排序，如果行與行之間出現(xiàn)缺失值，可能到時(shí)數(shù)據(jù)排序出現(xiàn)錯(cuò)誤，或者其他什么問(wèn)題（本人的經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)）。

了解完對(duì)話框各個(gè)部分的含義后，下面將以示例文件為開(kāi)頭介紹如何進(jìn)行操作。

二、為了方便用戶了解這一功能，本軟件也提供了示例文件，通過(guò)點(diǎn)擊圖3的方框3的‘load test’選項(xiàng)即可加載示例數(shù)據(jù)，如方框4和方框5，均為加載示例文件的數(shù)據(jù)。隨后，點(diǎn)擊‘a(chǎn)lig’即可得出結(jié)果。

考慮到圖片中無(wú)法展示加載數(shù)據(jù)的全貌，本推文在下面的代碼塊中展示了相關(guān)的數(shù)據(jù)，方便用戶了解

其中比對(duì)文件對(duì)話框中的數(shù)據(jù)為：

背景文件對(duì)話框中的數(shù)據(jù)為：

當(dāng)然，用戶也可以直接將文件拖入進(jìn)入相應(yīng)的為對(duì)話框（比對(duì)文件對(duì)話框和背景文件對(duì)話框）。如圖4所示，讀者可以直接將文件分別拖入到對(duì)話框中。軟件會(huì)自動(dòng)識(shí)別并加載數(shù)據(jù)。

三、比對(duì)（Aligment）功能對(duì)了提供自動(dòng)比對(duì)（Automatic_aligment）這一方法外，也提供了扣除（Deduction）的方法。因?yàn)橛袝r(shí)除了數(shù)據(jù)比對(duì)外，用戶還可能需要對(duì)結(jié)果進(jìn)行篩除。因此，本軟件考慮到這一現(xiàn)象，就提供了相應(yīng)的功能，即通過(guò)背景文件對(duì)結(jié)果進(jìn)行篩選，篩選的操作與自動(dòng)比對(duì)的操作一致。

為方便用戶了解產(chǎn)生的結(jié)果文件，下面將通過(guò)代碼塊展示兩個(gè)方法的結(jié)果比對(duì)

自動(dòng)比對(duì)（Automatic_aligment）的結(jié)果：

扣除（Deduction）方法的結(jié)果：

通過(guò)上述步驟，即可實(shí)現(xiàn)通過(guò)指定數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)分析內(nèi)容進(jìn)行進(jìn)一步的信息獲得或者篩選。如果讀者覺(jué)得還有什么功能需要實(shí)現(xiàn)，也可直接通過(guò)公眾號(hào)留言。不過(guò)還是那句話，改進(jìn)的進(jìn)度可能要全憑本人時(shí)間安排，無(wú)法強(qiáng)求（因?yàn)橹鳂I(yè)更重要）。最后的最后，歡迎大家多用Multi-omics Hammer軟件，多提寶貴建議。

三 慣例小結(jié)

本公眾號(hào)開(kāi)發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件歡迎大家使用。文末是本公眾號(hào)在其他平臺(tái)的賬戶，也歡迎大家關(guān)注并多提意見(jiàn)。

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公眾號(hào)：生信小院

博客園：生信小院

最后，也歡迎各位大佬能夠在本平臺(tái)上：1傳播和講解自己發(fā)表的論文；2：發(fā)表對(duì)某一科研領(lǐng)域的看法；3：想要達(dá)成的合作或者相應(yīng)的招聘信息；4：展示自己以尋找博后工作或者博士就讀的機(jī)會(huì);5:博導(dǎo)提供博后工作或者博士攻讀機(jī)會(huì)，都可以后臺(tái)給筆者留言。希望本平臺(tái)在進(jìn)行生信知識(shí)分享的同時(shí)，能夠成為生信分析者的交流平臺(tái)，能夠?qū)崿F(xiàn)相應(yīng)的利益互補(bǔ)和雙贏（不一定能實(shí)現(xiàn)，但是夢(mèng)想總得是有的吧）。

另外，怎么說(shuō)呢，投。。。。。。幣也可，不強(qiáng)求，但奢求