bioconda——生物信息軟件的appStore

# 軟件安裝

curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# 刷新配置即重新加載

source ~/.bashrc

# 添加軟件源

conda config --add channels defaults

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

利用bioconda管理軟件

conda search bwa 【搜索軟件是否存在】

conda install -y bwa 【安裝最新版本，其他版本需指定版本號；-y 代表后面選項均選 yes】

conda install bwa samtools=1.9 bcftools fastqc fastp -y 【安裝多個軟件】

conda list 【查看當(dāng)前環(huán)境所安裝的軟件】

conda update bwa 【更新】

conda remove bwa 【卸載】

創(chuàng)建虛擬環(huán)境

conda create -n py2.7 python=2.7 -y 【創(chuàng)建Python 2.7環(huán)境，-n表示命名】

conda create -n test1 bwa=0.7.16 blast=2.7.1 【創(chuàng)建所需虛擬環(huán)境】

conda env list 【查看現(xiàn)有虛擬環(huán)境】

conda activate py2.7 【激活Python 2.7環(huán)境】

python -V 【查看Python版本】

conda deactivate 【退出虛擬環(huán)境】

加快下載速度

conda install mamba -c conda-forge -y

# conda 替換為 mamba 即可，下為示例

mamba install -y prodigal glimmer augustus trf eggnog-mapper

mamba create -n nanoplot nanoplot -y

管理R包

mamba install -c bioconda bioconductor-biobase -y

R

library(Biobase)