接著上期的繼續(xù)說(shuō)，本期主要說(shuō)說(shuō)怎么用R語(yǔ)言繪制好看的進(jìn)化樹(shù)。注意，本期所寫(xiě)腳本已經(jīng)經(jīng)過(guò)本人重新編寫(xiě)

首先，需要加載必要的R包

隨后，加載各種文件

nwk_file即為MEGA通過(guò)多重比對(duì)與進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建后保存的樹(shù)文件

tree_group_file為每個(gè)節(jié)點(diǎn)的詳細(xì)信息，內(nèi)容如下

其中sample列為每個(gè)樹(shù)節(jié)點(diǎn)的名稱(chēng)，Group為每個(gè)樹(shù)節(jié)點(diǎn)歸屬于那個(gè)簇，lenght為環(huán)形的大小，color為所在環(huán)的顏色，shape為樹(shù)節(jié)點(diǎn)的形狀，shape_color為樹(shù)節(jié)點(diǎn)的標(biāo)題顏色。

其中tree_group_circle_file為外圈的詳細(xì)信息，內(nèi)容如下

其中l(wèi)ist_1和list_2分別指代從原始節(jié)點(diǎn)算起，多少節(jié)點(diǎn)為一個(gè)外圈，其中l(wèi)ist_name為外圈的標(biāo)簽，list_angle為外圈標(biāo)簽的旋轉(zhuǎn)角度，而list_color為外圈的顏色。

plot_args_file文件為進(jìn)化樹(shù)整體的參數(shù)信息，內(nèi)容如下

plot_group_color_file文件則為每個(gè)亞家族tiplabel的顏色

最終輸出文件為outputfile

接下來(lái)，開(kāi)始讀取文件

輸出圖片的參數(shù)讀取

樹(shù)的形狀（tree_layout）、線(xiàn)條的類(lèi)型（tree_linetype）、樹(shù)的大小（tree_size）、樹(shù)是否為階梯式（tree_ladderize）、樹(shù)的顏色（tree_color）

節(jié)點(diǎn)的大?。?/span>tiplab_size）、節(jié)點(diǎn)的顏色（tiplab_color），節(jié)點(diǎn)的水平位移（tiplab_hjust），節(jié)點(diǎn)標(biāo)志的大小（tippoint_size）

外圈的對(duì)齊（circle_strip_align）、外圈的透明度（circle_strip_alpha）、外圈標(biāo)簽的大?。?/span>circle_strip_fontsize）、不同分組外圈之間間距（circle_strip_offset）、外圈標(biāo)簽的文本大小（circle_strip_offset_text）、外圈標(biāo)簽的水平位移（circle_strip_hjust），外圈色塊的寬度（circle_strip_barsize）、外圈的延展（circle_strip_extend）

設(shè)置圖片保存，并讀取樹(shù)文件

讀入分組文件用于繪制進(jìn)化樹(shù)，并按分組添加顏色

這一步確定分組類(lèi)型，后期調(diào)整也是通過(guò)這一步進(jìn)行

讀取分組的顏色

獲取進(jìn)化樹(shù)排序后的列名，并以為為序?qū)?/span>group_file的數(shù)據(jù)進(jìn)行重新排序

獲取進(jìn)化樹(shù)節(jié)點(diǎn)的排序，因?yàn)?/span>tree_phylo自帶group屬性，所以需要將這個(gè)屬性提取出來(lái)，用于上色，按照排序后進(jìn)化樹(shù)的節(jié)點(diǎn)分別給“上色”

繪制進(jìn)化樹(shù)，值得注意的是label_group_color只是包含分組的顏色即group包含幾個(gè)level，然后依據(jù)順序依次上色。

最后一步，保存圖片

最終生成圖片如下

三 慣例小結(jié)

其實(shí)吧，沒(méi)有一種解決方法是全能的，重要的是什么解決方法最有效，用起來(lái)也最順手。

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