蛋白質(zhì)序列分析就是解析組成蛋白質(zhì)的氨基酸種類和排列順序，質(zhì)譜法是目前最常用最先進(jìn)的蛋白質(zhì)測(cè)序技術(shù)，可以對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行全序列分析、N/C末端序列分析以及從頭分析，實(shí)現(xiàn)新發(fā)現(xiàn)的蛋白或未知理論序列的蛋白質(zhì)氨基酸測(cè)序。

利用質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)行蛋白質(zhì)氨基酸序列分析通常需要結(jié)合色譜技術(shù)，即液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜（LC-MS）技術(shù)。其大致流程是將蛋白樣本進(jìn)行多重酶切以獲取氨基酸序列有部分重合的各小分子肽段，再通過液相色譜進(jìn)行分離，然后利用質(zhì)譜儀檢測(cè)分離后的各蛋白肽段，根據(jù)質(zhì)譜數(shù)據(jù)可以確定肽段的分子質(zhì)量信息以確定氨基酸組成信息，再根據(jù)各肽段之間的重合互補(bǔ)性拼接出完整蛋白質(zhì)的氨基端組成和排列順序。