微生物肥料與土壤可持續(xù)發(fā)展生產(chǎn)力水平之間是相輔相成的關(guān)系。土壤進(jìn)行物理、化學(xué)性狀的改善企業(yè)都是可以通過研究微生物和有機(jī)物的共同作用來管理達(dá)到提高修復(fù)土壤主要目的的。具有可持續(xù)社會生產(chǎn)力的土壤環(huán)境都有一個較高的持水保肥能力，具有透氣性，以及存在較多的生物量和有機(jī)質(zhì)。這里所述的生物量除了一些植物細(xì)胞生長的根系、土壤微小動物外主要是利用微生物。微生物肥料施入土壤后會分解吸收有機(jī)質(zhì)，并且能夠合成分泌大量的多糖和聚氨基酸等黏性物質(zhì)。這些用戶黏性物質(zhì)混同土壤無機(jī)顆粒和殘存有機(jī)顆粒表面形成不同土壤的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)。團(tuán)粒結(jié)構(gòu)設(shè)計之間是否含有大量的空氣，在團(tuán)粒結(jié)構(gòu)系統(tǒng)內(nèi)部也相對比較疏松。

　　團(tuán)聚體結(jié)構(gòu)的形成破壞了細(xì)土層中的毛細(xì)管，減少了土壤水分沿毛細(xì)管蒸騰的損失。長期使用化肥的土壤容易固化，含氣量較少，水分容易被毛細(xì)管揮發(fā)到土壤致密層中，保水能力差，容易干燥。顆粒結(jié)構(gòu)的土壤可以吸收更多的水分、空氣和肥料。由于團(tuán)聚體的松散性，壓實土的毛細(xì)管被破壞。當(dāng)水分蒸發(fā)時，水分不再揮發(fā)到空氣中，因此土壤中的團(tuán)聚體保持相對濕潤和松散。施用微生物肥料的土壤具有抗旱性，在雨季，由于有機(jī)質(zhì)豐富，微生物生長的土地就像泡沫塑料海綿一樣具有吸水性。

　　微生物也有能力將容易被雨水帶走的養(yǎng)分轉(zhuǎn)化為自己的結(jié)構(gòu)成分，并在作物需要時慢慢釋放出來。比如無機(jī)氮肥轉(zhuǎn)化為含氮聚氨基酸、蛋白質(zhì)、細(xì)胞內(nèi)含氮有機(jī)物等。將易流失的鉀吸收到巨大的莢膜多糖中，在作物缺鉀時緩慢釋放;土壤中的不溶性磷慢慢轉(zhuǎn)化為可溶性磷供作物吸收。微生物在繁殖和生長過程中，還合成各種低分子量、具有生物活性的物質(zhì)，對增加收入、改善作物品質(zhì)有很大作用。

　　微生物在分解有機(jī)質(zhì)的過程中產(chǎn)生大量的有機(jī)酸，對鹽堿地的改造非常有利。因為有機(jī)質(zhì)的分解產(chǎn)物大部分是酸堿緩沖劑，它們的存在使得土壤pH趨于穩(wěn)定，不會受到外加肥料等酸堿物質(zhì)的影響。從而減少氮肥的揮發(fā)和磷肥的固化，節(jié)約化肥的用量。

　　由于微生物不斷分解土壤中的有機(jī)物質(zhì)，這一過程產(chǎn)生一定量的生物能，使土壤比不使用生物肥料時更加溫暖，這有利于植物生長和抵抗低溫。

　　由于我國微生物作為肥料能不斷地進(jìn)行分解利用秸稈等農(nóng)業(yè)生產(chǎn)廢棄物，田間其他雜物少，有害的化學(xué)合 成物少，這樣的土壤保水、 保肥、保溫，又透氣，保持了土壤的可持續(xù)發(fā)展生產(chǎn)力。