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DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)研究中，修飾最為穩(wěn)定，含量最為豐富，對(duì)基因調(diào)控最為活躍、途徑最為廣泛的一種修飾。不同基因區(qū)域或位點(diǎn)的修飾與胚胎發(fā)育、疾病發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)，也是外界環(huán)境對(duì)機(jī)體影響的橋梁。對(duì)于DNA甲基化檢測(cè)，目前已有一系列不同的方法，可針對(duì)性應(yīng)用于不同的樣本類(lèi)型或檢測(cè)需求。全基因組亞硫酸鹽測(cè)序(WGBS)可以精確檢測(cè)每一個(gè)胞嘧啶的甲基化水平，該技術(shù)檢測(cè)范圍最廣，定量檢測(cè)最準(zhǔn)確，但存在費(fèi)用高的問(wèn)題。簡(jiǎn)化基因組甲基化檢測(cè)技術(shù)(RRBS/DRRBS)通過(guò)MspI及不同酶切組合，回收酶切產(chǎn)物小片段進(jìn)行亞硫酸鹽處理和測(cè)序，可以特異性檢測(cè)基因組70％左右的啟動(dòng)子和CG島的部分CG位點(diǎn)，該技術(shù)相較于WGBS已將單個(gè)樣本成本降低至幾千元以內(nèi)，但是距離百元費(fèi)用的實(shí)際應(yīng)用仍有距離。液相捕獲亞硫酸鹽甲基化測(cè)序技術(shù)(LHC-BS)，該技術(shù)可以隨意選取檢測(cè)基因或基因組區(qū)域，通過(guò)設(shè)計(jì)捕獲探針釣取原始基因組靶向序列，進(jìn)一步通過(guò)亞硫酸鹽處理測(cè)序，分析目標(biāo)基因區(qū)間內(nèi)每一個(gè)位點(diǎn)的甲基化水平，該技術(shù)對(duì)于幾十到數(shù)百個(gè)基因的捕獲甲基化臨床檢測(cè)應(yīng)用，在成本控制、檢測(cè)周期等方面還需要進(jìn)一步優(yōu)化。對(duì)于幾個(gè)基因的甲基化分析，目前在實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部大多會(huì)通過(guò)甲基化特異性PCR擴(kuò)增電泳或QPCR(MSP)分析，或基因組DNA亞硫酸鹽PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物克隆后Sanger測(cè)序進(jìn)行檢測(cè)。這兩種技術(shù)分別面臨靈敏性、敏感性低和操作繁瑣、周期長(zhǎng)、成本高的缺點(diǎn)。

針對(duì)上述技術(shù)問(wèn)題，易基因發(fā)明了一種多基因區(qū)域的DNA甲基化檢測(cè)方法及其探針設(shè)計(jì)，同時(shí)針對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物，構(gòu)建了一種快速文庫(kù)建庫(kù)方法，減少酶種類(lèi)的使用和簡(jiǎn)化反應(yīng)流程，以解決現(xiàn)有技術(shù)中基于DNA甲基化多基因擴(kuò)增的臨床檢測(cè)應(yīng)用成本高，時(shí)間長(zhǎng)，效果有限等的問(wèn)題。

2023年7月14日，深圳市易基因科技有限公司開(kāi)發(fā)的《多區(qū)域DNA甲基化檢測(cè)探針設(shè)計(jì)及其檢測(cè)方法》獲得專(zhuān)利授權(quán)，突破了相關(guān)技術(shù)的瓶頸。該測(cè)序方法名為“靶基因甲基化高通量測(cè)序（Target Bisulfite sequencing，Target-BS）”，是易基因科技自2017年開(kāi)始研發(fā)的技術(shù)，于2020年申請(qǐng)發(fā)明專(zhuān)利，并于今日獲得發(fā)明授權(quán)。

專(zhuān)利申請(qǐng)只是技術(shù)的原型和起點(diǎn)，幾年來(lái)易基因持續(xù)對(duì)方法進(jìn)行優(yōu)化和升級(jí)。對(duì)目標(biāo)基因/CpG 位點(diǎn)甲基化檢測(cè)，易基因建立靈活的靶向甲基化測(cè)序技術(shù)（Target Bisulfite sequencing，Target-BS）是針對(duì)已有目標(biāo)基因panel組合，運(yùn)用易基因自主研發(fā)的甲基化特異性多重PCR引物設(shè)計(jì)軟件，對(duì)亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化后的目標(biāo)基因多重?cái)U(kuò)增，建庫(kù)后進(jìn)行超高深度（1000X以上）甲基化精準(zhǔn)檢測(cè)。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

• 多基因多重?cái)U(kuò)增，檢測(cè)通量高；

• 超高深度亞硫酸鹽甲基化測(cè)序，相對(duì)于傳統(tǒng)BSP克隆測(cè)序，檢測(cè)靈敏度、準(zhǔn)確性高，可準(zhǔn)確檢測(cè)到樣本中低于1%的甲基化水平；

• 樣本需求量低，20ng基因組DNA可實(shí)現(xiàn)多基因擴(kuò)增；

• 適用范圍廣，對(duì)基因組DNA、FFPE樣本、游離cfDNA等樣本均適用；

• 檢測(cè)費(fèi)用顯著低于現(xiàn)有技術(shù)、快周期、超高性價(jià)比。