5月份單細胞測序相關(guān)文獻共收集到51篇（IF>9），文末列出文獻發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺等信息，接下來看看其中5篇文章。

文章展示

【標題】宿主病毒感染圖譜顯示出COVID-19嚴重患者的特征
【平臺】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-05-08

【摘要】正如當前的COVID-19大流行所展示的那樣，病毒會對全球健康造成嚴重威脅。目前，缺乏有關(guān)人類宿主如何與病毒（包括SARS-CoV-2病毒）相互作用的數(shù)據(jù)，限制了有效的治療干預(yù)。研究者介紹了Viral-Track的計算方法，它可以全局掃描單細胞RNA測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)以確定病毒RNA的存在，從而實現(xiàn)受感染細胞與周圍細胞的分類。作者展示了Viral-Track的敏感性和特異性，以無監(jiān)督的方式系統(tǒng)地從多種感染模型（包括乙型肝炎病毒）中檢測病毒。將Viral-Track應(yīng)用于重度和輕度COVID-19患者的支氣管肺泡灌洗樣本，發(fā)現(xiàn)與輕度患者相比，病毒對重度患者免疫系統(tǒng)的影響顯著。Viral-Track檢測到一種人偏肺病毒的聯(lián)合感染，主要存在于受I型干擾素（IFN）信號干擾的單核細胞中。Viral-Track為剖析病毒感染和病理機制提供了強有力的技術(shù)。

【標題】恢復(fù)期患者B細胞單細胞測序鑒定出SARS-CoV-2中和抗體

【期刊】Cell（IF=36.2）

【平臺】10X

【時間】2020.05.18

【摘要】COVID-19大流行急需治療和預(yù)防措施。本文報道了用高通量單細胞RNA和VDJ測序法快速鑒定60例SARS-CoV-2中和抗體的方法。從8558個抗原結(jié)合IgG1+克隆型中，鑒定出14種有效的中和抗體，其中最有效的一種BD-368-2對假型和真型SARS-CoV-2的IC50分別為1.2和15ng/mL。BD-368-2對SARS-CoV-2感染的hACE2轉(zhuǎn)基因小鼠也有很強的治療和預(yù)防作用。還發(fā)現(xiàn)抗體的抗原決定基與ACE2結(jié)合位點重疊。作者還證明，根據(jù)預(yù)測的CDR3H結(jié)構(gòu)與SARS-CoV中和抗體的相似性，可以直接選擇SARS-CoV-2中和抗體。綜上所述，通過高通量的單B細胞測序，可以有效地發(fā)現(xiàn)人類中和抗體，以應(yīng)對大流行性傳染病。

【標題】在組織中的特定細胞亞群中檢測到SARS-CoV-2受體ACE2

【平臺】10X

【期刊】Cell (IF=36.2)

【時間】2020.05.28

【摘要】SARS-CoV-2是導(dǎo)致COVID-19發(fā)病的重要病毒，了解其發(fā)病機制已迫在眉睫。SARS-CoV-2刺突蛋白結(jié)合血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2（ACE2），與宿主蛋白酶（主要是跨膜絲氨酸蛋白酶2（TMPRSS2））協(xié)同促進細胞進入。SARS-CoV-2在宿主組織中靶向的細胞亞群和調(diào)控ACE2表達的因子尚不清楚。作者利用健康和疾病的人、非人類靈長類和小鼠單細胞RNA測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)集，在組織常駐細胞亞群中發(fā)現(xiàn)SARS-CoV-2的假定靶點。作者鑒定了肺II型肺細胞、回腸吸收性腸細胞和鼻杯狀分泌細胞中ACE2和TMPRSS2共表達細胞。值得注意的是，作者發(fā)現(xiàn)ACE2是一個體外使用氣道上皮細胞的人干擾素刺激基因（ISG），并將作者的發(fā)現(xiàn)擴展到體內(nèi)病毒感染。數(shù)據(jù)表明，SARS-CoV-2可以利用物種特異性干擾素驅(qū)動的ACE2上調(diào)（肺損傷期間的組織保護介質(zhì)）來增強感染。

【標題】人腦癌單細胞圖譜顯示侵襲組織白細胞的腫瘤特異性指示

【期刊】Cell (IF=36.2)

【時間】2020-05-22

【摘要】腦惡性腫瘤可以起源于中樞神經(jīng)系統(tǒng)(膠質(zhì)瘤)，也可以從身體的其他部位侵入(轉(zhuǎn)移瘤)。高度免疫抑制腫瘤微環(huán)境(TME)影響腦腫瘤的生長。目前尚不清楚TME主要是由中樞神經(jīng)系統(tǒng)微環(huán)境或惡性腫瘤本身形成的，同樣不清楚的還有中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤相關(guān)巨噬細胞(CNS tumor-associated, TAMs)的多樣性、起源和功能。本文中，研究人員使用高維單細胞分析(CyTOF)繪制了腦腫瘤的白細胞圖譜。僅TME內(nèi)組織駐留細胞和入侵免疫細胞的不均勻組成，就清楚地區(qū)分了膠質(zhì)瘤和腦轉(zhuǎn)移瘤(BrM)。膠質(zhì)瘤TME主要表現(xiàn)為組織駐留的反應(yīng)性小膠質(zhì)細胞，而組織浸潤性白細胞在BrM中積累。組織侵襲TAMs表現(xiàn)出獨特的特征軌跡，揭示了腫瘤驅(qū)動的指令以及對比鮮明的淋巴細胞激活和衰竭。明確腦腫瘤的特異性免疫特征，有利于合理設(shè)計靶向免疫治療策略。

【標題】人類骨骼肌圖譜確定了干細胞、祖細胞及人類多能干細胞的軌跡

【平臺】Drop-seq

【期刊】Cell Stem Cell (IF=21.5)

【時間】2020.05.10

【摘要】人類骨骼肌發(fā)生的發(fā)展軌跡以及祖細胞和干細胞狀態(tài)之間的轉(zhuǎn)換尚不清楚。作者使用單細胞RNA測序來構(gòu)建人胚胎、胎兒和產(chǎn)后階段骨骼肌組織的圖譜。在silico中，作者確定了肌源性和其他細胞類型，并構(gòu)建了人類骨骼肌個體發(fā)育的“路線圖”。以類似的方式，作者還分析了人類多能干細胞（hPSC），并將hPSC衍生的肌源性祖細胞映射到胚胎到胎兒的過渡期。作者發(fā)現(xiàn)共同調(diào)節(jié)的基因網(wǎng)絡(luò)和轉(zhuǎn)錄因子存在于不同的肌生成階段。這項工作為提高對人類肌肉生成的認識提供了資源。這也為進一步了解hPSC來源的肌源性祖細胞在骨骼肌再生醫(yī)學(xué)中的轉(zhuǎn)化應(yīng)用提供了工具。

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