甲兒已經(jīng)被魔神Z吞噬失去了正常的意識，面對這種情況大魔神毅然決定與魔神Z對拳。

在光子力射線、胸部火焰等必殺的對決后，魔神Z已經(jīng)進化成魔神ZERO，難道這個曾經(jīng)和平過的世界也將面臨終結嗎？

此時曾經(jīng)拒絕魔神化的魔神Z自我意識與密涅瓦開始了對話，此時密涅瓦將阿魯特密斯的駕駛艙與自己的意識進行了光子連接，魔神Z的自我意識、密涅瓦、沙也加與甲兒再次于意識世界中見面。

甲兒要求密涅瓦用光子力硫酸颶風（能回溯時間，改變世界線的招數(shù)，前作中改變世界線的關鍵之一）回溯時間，拯救所有死去的人、修正已經(jīng)在這個世界中發(fā)生的錯誤。

但是密涅瓦想要對已經(jīng)被魔神ZERO的甲兒釋放光子力硫酸颶風并非易事，還有可能接近魔神ZERO的，應該也只有劍鐵也駕駛的大魔神了。

大魔神通過追加裝備——大魔神推進器，讓大魔神的力量得到了強化，獲得了4種魔神之力的大魔神進化為大魔神凱撒【魔神皇帝G】。

就在手持大劍的大魔神凱撒與魔神ZERO鏖戰(zhàn)時，在地上趴了很久黑暗大將軍也抓住了復仇的機會與大魔神凱撒完成一波大劍俠之間的配合。

但是受傷的魔神ZERO瞬間恢復，抓住大魔神凱撒以一擊BREAST FIRE NOVA（機戰(zhàn)V中魔神ZERO的最后一招）將大魔神凱撒胸部以下的身軀全部燃盡。

只剩半身的大魔神凱撒最后以一擊頭槌，敲開了魔神ZERO的駕駛艙。因為大凱撒的全力奮斗，密涅瓦終于有機會對駕駛艙內的甲兒釋放改變世界線的光子力硫酸旋風。

發(fā)動光子力硫酸颶風后，密涅瓦X再度去到了不同的世界里。此時這個世界中，大魔神正在與邁錫尼帝國進行對抗。

這個世界里同樣經(jīng)過了與地獄博士的決戰(zhàn)，但人類僅僅被消滅了一半而已,并且魔神Z已經(jīng)被封印，甲兒也隱藏了自己的行蹤。

在這個世界線上與邁錫尼帝國對抗的劍鐵也其實都是以兜劍造博士為原型的戰(zhàn)斗用克隆人，一位劍鐵也倒下還會有千千萬萬個劍鐵也站出來，是名副其實的“職業(yè)勇者”。而甲兒此時卻在NASA的TFO研究所工作，順便《UFO魔神古蓮泰沙》中的宇門大介與瑪利亞也出場打了個醬油。

但是驚人的事實并不僅僅是如此。原來在前作《真魔神ZERO》的結局里，魔神Z的光子力射線不但沒有將地獄博士完全消滅，反而將地獄博士送回了一萬年之前的邁錫尼帝國。

地獄博士化身暗之帝王，為了打敗魔神Z，從一萬年之前開始發(fā)展科技，但是開發(fā)到5000年前時，地獄博士的新能源實驗失敗、幾乎毀滅了整個邁錫尼大陸，暗之帝王、也就是地獄博士只能在他的老巢巴托斯島繼續(xù)著科學研究。

隨著時間的流逝，兜甲兒的爺爺兜十藏出生，但地獄博士發(fā)現(xiàn)他的DNA與兜十藏完全一樣，這個驚人的巧合表示他們二人是一卵性雙生兒。既然兜十藏與兜甲兒能駕駛魔神Z，讓魔神Z覺醒為魔神ZERO，那么地獄博士應該也能使用這股力量。

最終戰(zhàn)的時候終于到了，科學要塞研究所全力出擊，暗之帝王化身黑暗大元帥率領邁錫尼戰(zhàn)斗獸出戰(zhàn)。

戰(zhàn)斗中大魔神與黑暗大將軍的對決中大魔神最終站到了最后，但更令人在意的是魔神Z與黑暗大元帥的情況。就在魔神Z使用魔神之力將地獄大元帥打敗時，魔神Z卻與黑暗大元帥的本體——地獄博士發(fā)生了融合，地獄博士駕駛著魔神ZERO出現(xiàn)在了眾人面前 ！！