在Autodockvina的快速簡易的對接方法https://www.bilibili.com/read/cv17081149中闡述的對大分子蛋白和小分子配體有些步驟沒必要，現(xiàn)在進行簡化

-受體準備-

打開AutoDockTools，在菜單欄點擊File>ReadMolecule打開大分子pdb文件?

①除水：Edit>remove water?

②加氫：Edit>Hydrogens>Add>OK

③ 選為受體 Grid>macromolecules >choose 這一步會自動增加電荷

⑤保存為.pdbqt文件：會自動跳入到工作目錄里來，File->Save->WritePDBQT

點擊鼠標右鍵>delete 在Dashboard中把受體分子刪除。通過ADT菜單欄Ligand->Input->Open打開KQV701.pdb文件，彈出一個對話框，點擊確定

file>read molecules>小分子pdb文件

① Edit>hydrogens>add

②ligand>choose >選中文件>select

③ 檢測配體的root：ADT菜單欄Ligand>Torsion Tree>DetectRoot

③選擇配體可扭轉(zhuǎn)的鍵：Ligand>TorsionTree>Choose Torsions>Done，表示該分子32個鍵中有13個可旋轉(zhuǎn)的。

• 其中紅色表示不可旋轉(zhuǎn)的鍵，綠色表示可旋轉(zhuǎn)鍵，紫色表示不可扭轉(zhuǎn)，通常為肽鍵。如果要設(shè)置某個鍵不可扭轉(zhuǎn)，那么先按住shift鍵，然后鼠標單擊即可（顏色變成紫色）。
  ④保存為.pdbqt文件：ADT菜單欄Ligand->Output->Saveas PDBQT，此時可在6NJS文件夾下看到多了一個“KQV701.pdbqt”文件

大分子和小分子準備好了，就開始在Grid里對接把。