大家好，歡迎觀看《時空日報》第11期。本期追蹤到時空/單細胞組學相關研究文章共計5篇。以下是應用華大時空StereoCopilot生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、通過scRNA-seq評估心臟非編碼轉錄組并鑒定了一種保守的促纖維化長鏈非編碼RNA?FIXER

Assessment of the cardiac noncoding transcriptome by single-cell RNA sequencing identifies?FIXER, a conserved profibrogenic long noncoding RNA

Circulation; IF: 37.800; DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.122.062601

內容概要：通過scRNA-seq分析梗死后心臟非肌細胞中的非編碼轉錄組（long noncoding RNAs，lncRNAs），發(fā)現lncRNA表達足以識別構成哺乳動物心臟的各種細胞類型。專注于心臟成纖維細胞及其衍生物，鑒定了lncRNA?FIXER，它可作為心臟纖維化的新治療靶點。

2、炎癥性和耐受性髓系細胞決定人類過敏原挑戰(zhàn)后的結果

Inflammatory and tolerogenic myeloid cells determine outcome following human allergen challenge

The Journal of Experimental Medicine; IF: 15.300; DOI: 10.1084/jem.20221111

內容概要：通過對30例過敏性鼻炎和27例非過敏性受試者的鼻活檢細胞的免疫細胞進行單細胞蛋白質組和轉錄組分析，發(fā)現了參與氣道過敏性炎癥的單核吞噬細胞系統(tǒng)（mononuclear phagocytic system，MPS）細胞簇，強調了非過敏性個體中骨髓來源的抑制性細胞（myeloid-derived suppressor cells，MDSCs）對過敏原的非炎癥先天性MPS反應的新作用。未來的治療應將MDSC活性作為炎癥性氣道疾病的治療方法。

3、LRT：整合分析scRNA-seq和scTCR-seq數據以研究克隆分化軌跡異質性

LRT: Integrative analysis of scRNA-seq and scTCR-seq data to investigate clonal differentiation heterogeneity

PLoS Computational Biology; IF: 4.300; DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011300

內容概要：介紹了一種用于綜合分析scRNA-seq和scTCR-seq數據以探索克隆分化軌跡異質性的計算框架——LRT，該框架利用scRNA-seq數據的轉錄組信息構建整體細胞軌跡，并利用TCR序列信息和表型信息識別具有不同分化偏倚的克隆型簇。該框架已經實現為R包“LRT”(https://github.com/JuanXie19/LRT)，并提供了兩個Shiny應用程序，允許用戶交互式地探索克隆型的分布、進行庫分析、實現克隆型聚類、軌跡偏倚性評估和克隆型簇表征。

4、TIME for bugs：癌癥前期的免疫微環(huán)境和微生物

TIME for bugs: the immune microenvironment and microbes in pre-cancer

Cancer Prevention Research; IF: 3.300; DOI: 10.1158/1940-6207.CAPR-23-0087

內容概要：該綜述主要探討腫瘤免疫微環(huán)境（tumor immune microenvironment，TIME）在早期癌前病變中的作用，包括宿主基因組和外部因素（如飲食和微生物組）對治療反應的影響，并介紹了新的研究方法，如空間轉錄組學和蛋白質組學與創(chuàng)新的采樣方法相結合，以提高對早期癌前病變免疫微環(huán)境的精準靶向。

5、整合基因組和單細胞轉錄組分析揭示單倍體同種異體造血干細胞移植后供體細胞白血病的克隆進化和免疫特征

Integrated genomic and single-cell transcriptomic analyses reveal clonal evolution and immune signature in donor cell leukemia after haploidentical allogeneic hematopoietic stem cell transplantation

Leukemia and lymphoma; IF: 2.600; DOI: 10.1080/10428194.2023.2232493

內容概要：報告了一例受者發(fā)生遲發(fā)性供體細胞白血?。╠onor cell leukemia，DCL）的罕見病例。通過全基因組測序和scRNA-seq分析，發(fā)現供體細胞中存在克隆性造血干細胞增殖，進而發(fā)展為急性髓系白血病。同時，DCL中存在大量具有特異性轉錄組特征的GMP-like細胞和免疫監(jiān)視功能障礙。這些發(fā)現對于深入了解DCL的發(fā)生機制具有重要意義。

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