！注意是DEGseq，不是DEseq2

DEseq2是由美國北卡羅萊納大學(xué)教授Michael Love于2014年發(fā)布的包，是目前差異表達(dá)分析的主流工具，只適用于counts，需要生物學(xué)重復(fù)，且只接受整數(shù)。

DEGseq是由清華大學(xué)生物信息學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室于2010年發(fā)布的包，適用于counts與RPKM等標(biāo)準(zhǔn)化，無需生物學(xué)重復(fù)，數(shù)據(jù)不必為整數(shù)。

網(wǎng)上能搜到的DEGseq筆記太少了，搜出來全是DEseq2的

安裝需要用到BiocManager

我這里輸入的gh和gb均為19列的數(shù)據(jù)框，前18列是表達(dá)量（沒有生物學(xué)重復(fù)），第19列是我自行加上的gene ID（便于后續(xù)輸入），這里分析的是數(shù)據(jù)框第14列的數(shù)據(jù)。

method有多種可選，詳見說明書。

演示代碼的輸出結(jié)果有圖和表，表有l(wèi)og2FC和p值（還有z值和q值（？