爾云間? 一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)

歡迎點(diǎn)贊+收藏+關(guān)注

生信人R語言學(xué)習(xí)必備

立刻擁有一個(gè)Rstudio賬號(hào)

開啟升級(jí)模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個(gè)人存儲(chǔ)1T）

GATK（Genome Analysis Toolkit）是由Broad Institute開發(fā)的一款廣泛使用的基因組分析軟件。

它被廣泛用于變異檢測(cè)、變異過濾、注釋等基因組數(shù)據(jù)分析任務(wù)中。GATK提供了一套強(qiáng)大的算法和工具，支持多種變異檢測(cè)和基因組分析任務(wù)，如SNP和indel檢測(cè)、CNV檢測(cè)、基因組重排、變異標(biāo)記和注釋等。GATK已經(jīng)成為廣泛使用的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析工具之一，尤其在人類基因組項(xiàng)目和癌癥研究中得到廣泛應(yīng)用。

GATK主要提供以下幾個(gè)方面的功能

1.數(shù)據(jù)預(yù)處理：包括質(zhì)量控制、序列比對(duì)和比對(duì)質(zhì)量控制、局部重比對(duì)、堿基質(zhì)量控制等。

2.變異檢測(cè)：包括SNP和indel檢測(cè)、CNV檢測(cè)等。

3.基因組注釋：對(duì)檢測(cè)到的變異進(jìn)行注釋，包括基因型注釋、功能注釋、變異頻率注釋等。

4.基因組重排：對(duì)基因組進(jìn)行分塊，提高分析效率。

5.基因組分析管道：整合各種分析步驟，提供一條完整的基因組分析流程。

本期小果就帶大家感受一下gatk的魅力！數(shù)據(jù)還是之前處理過的擬南芥20個(gè)樣本的數(shù)據(jù)集。

先安裝一下軟件：

上期已經(jīng)利用bwa將基因組比對(duì)到參考基因組上了，我們等會(huì)直接調(diào)用這部分?jǐn)?shù)據(jù)。

使用gatk的sortsam對(duì)sam文件進(jìn)行排序，注意修改文件路徑哦：

看一下結(jié)果，怎么樣，你的結(jié)果有沒有跑出來呢？

好啦，今天的內(nèi)容暫時(shí)就到這里了，我們下期繼續(xù)！

歡迎使用：云生信??- 學(xué)生物信息學(xué)?(biocloudservice.com)

如果想用服務(wù)器私信小果哦！

“生信果”，生信入門、R語言、生信圖解讀與繪制、軟件操作、代碼復(fù)現(xiàn)、生信硬核知識(shí)技能、服務(wù)器、生物信息學(xué)的教程，以及基于R的分析和可視化等原創(chuàng)內(nèi)容，一起見證小白和大佬的成長。