磺化Cy染料是在普通Cy染料的發(fā)色團(tuán)上加入磺酸基團(tuán)從而大大增加了染料的水溶性。另外磺化Cy染料還稍微提高了染料的光學(xué)穩(wěn)定性和量子產(chǎn)率，因此磺化染料更耐受光照，發(fā)出的熒光也稍強(qiáng)一些。由于磺酸鹽的原因，這類染料的水溶性非常高， 在標(biāo)記反應(yīng)中不需要加入任何有機(jī)溶劑助溶，另外標(biāo)記上去的染料分子由于水溶性好不會(huì)聚集，也不會(huì)影響被標(biāo)記大分子的穩(wěn)定。

目前為華生物可提供的磺化Cy染料包括sulfo-Cy3，sulfo-Cy3.5, sulfo-Cy5, sulfo-Cy5.5, sulfo-Cy7和sulfo-Cy7.5?；腔疌y染料的熒光譜圖（包括激發(fā)峰和發(fā)射峰）發(fā)生了非常細(xì)小的藍(lán)移，這是一個(gè)非常普遍的現(xiàn)象，比如Rhodamine 123 到Alexa Fluor? 488，這個(gè)藍(lán)移非常小，藍(lán)移后激發(fā)峰和發(fā)射峰仍在儀器的檢測(cè)范圍之內(nèi)，所以不影響使用，也不必改設(shè)儀器參數(shù)。

盡管普通Cy和磺化Cy染料在熒光光學(xué)性質(zhì)上非常相似，但它們?cè)谶m用條件和標(biāo)記方法上仍有所不同。普通Cy染料水溶性低，必須預(yù)先溶解在有機(jī)溶劑（比如DMF或DMSO）中，然后加入到標(biāo)記反應(yīng)體系中，有機(jī)溶劑在有機(jī)/水混合溶劑中的含量需要達(dá)到10-15%（體積比率）才能保證染料不析出。

但是磺化Cy染料在水中溶解性很好，可直接在水溶液（比如PBS緩沖液）中標(biāo)記，因此特別適用于蛋白等對(duì)有機(jī)溶劑敏感的標(biāo)記對(duì)象。如果希望反應(yīng)后通過透析的方式純化，務(wù)必使用磺化-Cy染料，磺化-Cy染料溶于水，多余的染料可以被透析出。如果通過離子交換樹脂、電泳、凝膠過濾法純化，普通Cy和磺化-Cy都適用。

為華生物CY系列熒光染料的衍生材料有：
DOPE-CY5.5 二油酰磷脂酰乙醇胺-CY5.5

DOPE-PEG-CY5 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇CY5

DOPE-EPG-CY3 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇-CY3

DOPE-EPG-CY7 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇-CY7

DSG-PEG2000-CY7 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇 2000-CY7

DSG-PEG-CY5二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY5

DSG-PEG-CY3 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY3

DSG-PEG-CY5.5 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY5.5

PLGA-CY7 聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）CY7

PLGA-PEG-cy5 CY5-聚乙二醇-聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）

PLGA-PEG-CY7 CY7-聚乙二醇-聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）

DSPE-PEG-CY5/CY5.5/CY3/CY7/CY3.5

Cy5-PEG-Silane?cy5-聚乙二醇-硅

葉酸-PEG-cy3

RB-PEG-多巴胺

CY5-PEG-多巴胺

CY5.5-PEG-COOH/nh2/mal/疊氮N3

CY3/CY5.5-PEG-Mal?CY3/CY5.5-聚乙二醇-馬來酰亞胺

CY5/CY5.5-PEG-OPSS?CY5/CY5.5-聚乙二醇-巰基吡啶