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第一性原理||CASTEP計(jì)算電荷密度差分及繪制電荷密度差分圖

2022-04-01 14:50 作者:唯理計(jì)算  | 我要投稿

電荷密度差分(Charge density difference)是研究電子結(jié)構(gòu)的重要手段之一??梢灾庇^的得到各個片段相互作用后的電子流向,或者原子形成分子過程中電子密度的變化、探究化學(xué)鍵的本質(zhì)。往期文章中,我們講解了


如何通過VASP來計(jì)算電荷密度差分,計(jì)算方法比較簡單。然而,使用CASTEP可以更簡單快速地計(jì)算出電荷密度差分。


以AlFe合金為例,其具體操作如下:


01優(yōu)化結(jié)構(gòu)


導(dǎo)入要計(jì)算的結(jié)構(gòu)文件,選擇CASTEP模塊,點(diǎn)擊Calculation,打開以下對話框,選擇Geometry Optimization。


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02得到優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)

在包含計(jì)算輸出文件的目錄下,選擇CASTEP模塊,點(diǎn)擊Analysis,打開以下對話框。選擇Structure,在Results file處導(dǎo)入后綴為castep的計(jì)算輸出文件,點(diǎn)擊Update。



03設(shè)置差分片段


首先,點(diǎn)擊Edit,選擇Atom Selection,打開如下對話框,點(diǎn)擊要選擇的片段,這個根據(jù)需要,自行設(shè)置。設(shè)置好后,點(diǎn)擊Select后,被選擇的片段則被標(biāo)亮。



其次,點(diǎn)擊Edit,選擇Edit Sets,打開如下對話框:



點(diǎn)擊New,命名DensityDifference,點(diǎn)擊OK即可。此時,在結(jié)構(gòu)上可以看到被選中的片段被標(biāo)記出來。


04計(jì)算電荷密度差分


將上一步得到的結(jié)構(gòu)進(jìn)行電荷密度差分的計(jì)算,選擇CASTEP模塊,點(diǎn)擊Calculation,打開以下對話框,選擇Energy,在Properties處選擇Electron density difference。設(shè)置完成后,進(jìn)行計(jì)算。? ??



計(jì)算結(jié)束后,在包含計(jì)算輸出文件的目錄下,選擇CASTEP模塊,點(diǎn)擊Analysis,打開以下對話框。選擇Electron density difference,在Results file處導(dǎo)入后綴為castep的計(jì)算輸出文件,點(diǎn)擊Import。



05電荷密度差分圖的繪制


上一步操作后,在得到帶有差分電荷密度的結(jié)構(gòu)的同時,通過利用工具欄中的各項(xiàng)功能及應(yīng)用,可以得到想要效果的展示圖片。



下面將對常用工具能進(jìn)行簡單介紹:


1)利用圖1中“Create Slices”功能,可以選擇沿著想展示的面進(jìn)行切面;


(圖1)



2)利用圖2中“Volumetric Selection”功能,可以選擇想展示的切面;


(圖2)


3)利用圖3中“Color Maps”功能,可以自行修改電荷密度等值面的大小,以及修改顏色的展示;


(圖3)


以上經(jīng)過對各項(xiàng)工具的功能應(yīng)用,就可以快速得到如下圖所示的電荷密度差分圖了。


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