一、政府審批部門不同

高新技術企業(yè)認定由各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門聯(lián)合評審。

軟件企業(yè)由軟件協(xié)會負責評審。

二、有效年限和年審規(guī)定不同

高新技術企業(yè)有限期為三年，三年復審，第六年重新認定。擬認定的高新技術企業(yè)每年按照相關規(guī)定報統(tǒng)計和科委備案，同時在地方企業(yè)所得稅減免所辦理減免備案。

軟件企業(yè)實行每年年檢，根據(jù)軟件企業(yè)管理辦法規(guī)定的指標和資料，提供相關資料，每年的六月份之前辦理軟件企業(yè)年檢。如果通過了，可以享受上一年度的企業(yè)所得稅減免，如果沒有通過，不能最享受企業(yè)所得稅減免。

三、申報條件不同

（一）高新申報條件
1.企業(yè)申請認定時須注冊成立一年以上。

2.企業(yè)通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，獲得對其主要產(chǎn)品（服務）在技術上發(fā)揮核心支持作用的知識產(chǎn)權的所有權。

3.對企業(yè)主要產(chǎn)品（服務）發(fā)揮核心支持作用的技術屬于《國家重點支持的高新技術領域》規(guī)定的范圍。

4.企業(yè)從事研發(fā)和相關技術創(chuàng)新活動的科技人員占企業(yè)當年職工總數(shù)的比例不低于10%。

5.企業(yè)近三個會計年度（實際經(jīng)營期不滿三年的按實際經(jīng)營時間計算）的研究開發(fā)費用總額占同期銷售收入總額的比例符合要求。1、最近一年銷售收入小于5，000萬元（含）的企業(yè)，比例不低于5%；2、最近一年銷售收入在5，000萬元至2億元（含）的企業(yè)，比例不低于4%；3、最近一年銷售收入在2億元以上的企業(yè)，比例不低于3%。

6.近一年高新技術產(chǎn)品（服務）收入占企業(yè)同期總收入的比例不低于60%。

7.企業(yè)創(chuàng)新能力評價應達到相應要求。

8.企業(yè)申請認定前一年內(nèi)未發(fā)生重大安全、重大質量事故或嚴重環(huán)境違法行為。

（二）雙軟認定申報條件
1、在我國境內(nèi)依法設立的企業(yè)法人；

2、以計算機軟件開發(fā)生產(chǎn)、系統(tǒng)集成、應用服務和其他相應技術服務為其經(jīng)營業(yè)務和主要經(jīng)營收入；

3、具有一種以上由本企業(yè)開發(fā)或由本企業(yè)擁有知識產(chǎn)權的軟件產(chǎn)品，或者提供通過資質等級認定的計算機信息系統(tǒng)集成等技術服務；

4、從事軟件產(chǎn)品開發(fā)和技術服務的技術人員占企業(yè)職工總數(shù)的比例不低于50%；

5、具有從事軟件開發(fā)和相應技術服務等業(yè)務所需的技術裝備和經(jīng)營場所；

6、具有軟件產(chǎn)品質量和技術服務質量保證的手段與能力；

7、軟件技術及產(chǎn)品的研究開發(fā)經(jīng)費占企業(yè)年軟件收入8%以上；

8、年軟件銷售收入占企業(yè)年總收入的35%以上，其中，自產(chǎn)軟件收入占軟件銷售收入的50%以上；

9、企業(yè)產(chǎn)權明晰，管理規(guī)范，遵紀守法。