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原創(chuàng)?小果?生信果?

GSEA，即Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用來(lái)評(píng)估一個(gè)預(yù)先定義的基因集的基因在與表型相關(guān)度排序的基因表中的分布趨勢(shì)，從而判斷其對(duì)表型的貢獻(xiàn)。

GSEA軟件有java和R語(yǔ)言兩個(gè)版本，其中java版具有圖形界面，操作更直觀，本次小云就介紹一下java版的GSEA

軟件下載

軟件下載網(wǎng)址如下

http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp

Mac、windows、linux系統(tǒng)均支持

下載后按照默認(rèn)設(shè)置安裝即可

需提前配置java環(huán)境

輸入文件準(zhǔn)備

輸入文件有三個(gè)，基因集文件、表達(dá)譜文件、表型文件

1、基因集文件下載

http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp

如上網(wǎng)址下拉，會(huì)看到MsigDB數(shù)據(jù)庫(kù)，我們依照研究目的選擇合適的基因集進(jìn)行下載

2、表達(dá)譜文件

我們自己準(zhǔn)備，行名基因，列名樣本號(hào)即可

3、表型文件

后綴名為CLS，分隔符為換擋符/t 。我們建個(gè)TXT文件，改后綴名即可

第一行為 樣本數(shù) 表型分類數(shù) 固定數(shù)值1

第二行是具體的表型分類，這里是兩種，對(duì)應(yīng)0的Lower，對(duì)應(yīng)1的High

第三行是每個(gè)樣本對(duì)應(yīng)的表型

三軟件運(yùn)行

點(diǎn)擊 Load data進(jìn)入加載數(shù)據(jù)界面

將輸入數(shù)據(jù)直接拖入輸入框

點(diǎn)擊Load these..

載入成功

選擇基因集

選擇分組

設(shè)置完成

點(diǎn)擊Run運(yùn)行

運(yùn)行成功

進(jìn)入結(jié)果文件夾

默認(rèn)文件夾在如上路徑

查看分析結(jié)果

至此結(jié)束

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