由于醫(yī)藥中間體廢水的主要特點是水質(zhì)復(fù)雜、水量不穩(wěn)定、COD高、生化處理難度大。中間體廢水是高濃度有機物廢水，含有大顆粒的懸浮物，比如纖維狀物質(zhì)。如果不先把這些懸浮物分離去除，勢必會影響到后續(xù)處理工序的正常進行。一般會采用格柵來攔截廢水中的懸浮物，并在調(diào)節(jié)后采用混凝沉淀或氣浮的方法來去除廢水中雜質(zhì)。由于廢水的水質(zhì)復(fù)雜，水中含有大量的有機物和無機鹽。無機鹽對管道有腐蝕作用，對生物氧化有抑制的作用。使用蘭美拉沉淀池，通過向廢水中添加混凝劑，可以去除大多數(shù)的的無機鹽、重金屬離子以及部分的CODcr。

在管道內(nèi)流動的廢水是很不穩(wěn)定的，水質(zhì)也是不均勻的。為了保證管道和設(shè)備的穩(wěn)定使用，需要對廢水進行調(diào)節(jié)。調(diào)節(jié)的過程不僅使得廢水水量穩(wěn)定，更重要是讓水質(zhì)更均勻。在檢測的過程中可以更直接、準確地獲取有效數(shù)據(jù)，然后決定投入多少藥劑，添加多少活性污泥。整個廢水處理流程是預(yù)處理+生化處理+深度凈化，隨著流程的進展，廢水中的污染物應(yīng)該是越來越少，處理難度應(yīng)該是越來越簡單。但是，簡單的環(huán)節(jié)是最不能疏忽的。

預(yù)處理過程中的混凝沉淀、氣浮、吸附等方法并不是只用在預(yù)處理階段，在后續(xù)的生物氧化階段，也會用到沉淀池、氣浮或吸附的設(shè)備。因此，廢水處理的流程沒有統(tǒng)一的教程，根據(jù)生產(chǎn)廢水的實際特點，選擇最佳的處理方案。不僅體現(xiàn)在建設(shè)和施工整體費用上，還能為后續(xù)的運維節(jié)省很多。既然預(yù)處理的方法不局限于預(yù)處理階段，那么生物氧化的方法也不局限于生物氧化階段。在制藥廢水的處理過程中，預(yù)處理階段也可以先脫鹽處理，后使用IC內(nèi)循環(huán)反應(yīng)器來作為預(yù)處理，相比于傳統(tǒng)的鐵碳-芬頓方法，在社會和經(jīng)濟效益上更具有優(yōu)勢。

IC內(nèi)循環(huán)反應(yīng)器類似于兩個串聯(lián)的UASB，當廢水在厭氧罐內(nèi)流轉(zhuǎn)的過程中，生成大量的氣泡（甲烷和二氧化碳），在氣泡上升的過程中帶動活性污泥，增強了廢水在罐內(nèi)的攪拌效應(yīng)，很適合處理中高濃度的制藥廢水。在生物氧化階段，一般是采用厭氧和好氧結(jié)合的方法。進入?yún)捬蹼A段，一般是采用水解酸化、上流式厭氧活性污泥法（UASB）、厭氧折流板等。使用厭氧處理的目的是為了將難分解的有機物降解為容易分解的小分子物質(zhì)，以便于后續(xù)的好氧處理的高效進行。

根據(jù)水質(zhì)的變化，使用對應(yīng)的設(shè)備。不用追求設(shè)備的多么高大上，旨在適合，經(jīng)濟有效、節(jié)能環(huán)保。好氧處理的設(shè)備目前常用的有接觸氧化池、深井曝氣池、序批式間歇活性污泥法、生物膜氧化法等。