【零代碼生信分析小工具】第2波，依然是最火的免疫浸潤分析工具——xCell，親測好用！
【零代碼生信分析小工具】二更嘍~?~
小云再闡述下做這個欄目的初衷：因為我們的粉絲朋友們可能有些還是生信剛?cè)腴T選手，面對一些R語言可能會一頭霧水（ps：小云也是從新手村走出來的，學習R語言也是覺得很難啊~），所以想設(shè)身處地的為新手朋友們分享一些零代碼小工具，可以讓大家能更快的上手分析！（ps：感覺對自己有用的小伙伴麻煩點個關(guān)注哦，小云會多多更新的?。?/strong>
還是先介紹一下零代碼小工具的分析網(wǎng)站——“云生信在線分析平臺”，它包含200多個零代碼分析小工具，只需上傳數(shù)據(jù)，直接一鍵成圖，超級適合生信小白使用哦。網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html?，分析平臺開源、注冊登錄后可免費使用。
今天繼續(xù)分享免疫浸潤分析工具，生信里常用的免疫分析方法包括ssGSEA，xCell，MCP-counter，ESTIMATE、TIMER2、CIBERSORT和EPIC等等（這些方法的具體介紹布小谷之前也分享過，也推薦了ssGSEA分析小工具，感興趣的小伙伴點擊文末鏈接就可以觀看啦?。?/strong>，第2波就跟著小云一起來學習xCell分析小工具吧！
p?xCell小工具分析原理
xCell 作者整合了 FANTOM、ENCODE、Blueprint、GEO 數(shù)據(jù)庫共 1822 個純?nèi)祟惣毎娃D(zhuǎn)錄組，既包括?RNA-seq 也有 Array-based 數(shù)據(jù)，使用單樣本 GSEA（ssGSEA）分析方法對每個樣本進行評分，獲得每個樣本最可靠的特征集（gene?signature），共生成了 489 個特征。然后建模評估樣本表達譜與特征之間的關(guān)聯(lián)。該工具件通過基于組織樣本的基因表達譜，結(jié)合?R 語言中的 xCell 包，估算出各個組織樣本的?64 中免疫細胞富集分數(shù)，以此來代表組織中免疫細胞的相對含量，通過結(jié)合不同樣本表型，即可知道不同表型下是否存在組織免疫細胞浸潤差異。用戶只需要輸入基因表達矩陣、樣本的表型信息以及?64 種細胞所屬的細胞亞群，軟件將自行計算出各個樣本組織中的不同免疫細胞的相對含量，同時結(jié)合樣本分組繪制不同組別下免疫細胞浸潤含量的表達分布小提琴圖和熱圖。
p?操作方法
n?Step 1 ：首先打開云生信在線分析平臺，并登錄使用。點擊“計算?64 種免疫細胞相對含量及可視化”進入小工具頁面：
n?Step 2：進入小工具頁面后，可以看到上傳數(shù)據(jù)選項，點擊進入后，提示上傳數(shù)據(jù)需要“文件名和文件格式需要和示例數(shù)據(jù)一致”?；氐焦ぞ唔撁婵梢愿鶕?jù)左上角輸入數(shù)據(jù)模板制作數(shù)據(jù)。
n?Step 3：點擊“輸入數(shù)據(jù)模板”，進入以下頁面，可以看到給出了3個數(shù)據(jù)模板，點擊數(shù)據(jù)可以在線預(yù)覽和下載。
輸入數(shù)據(jù)-1：基因表達矩陣輸入文件GSE57065_ExprMatrix.csv（基因為行，樣本為列）
輸入數(shù)據(jù)-2：樣本表型文件group.txt
（兩列，第一列為樣本名稱，樣本順序必須和基因表達矩陣的樣本一致，第二列為對應(yīng)的表型分組信息）
輸入數(shù)據(jù)-3：免疫細胞所屬細胞亞群文件 cell_type.txt
（表示各個免疫細胞所屬的細胞亞群，共三列，第一列為細胞全稱，第二列為細胞縮寫，名字和?xCell 中內(nèi)置的一致，第二列為細胞所屬的亞群名稱，該文件為固定文件，程序運行只需要將該文件拷貝過去，直接進行利用，不需要自己制作）
n?Step 4：制作好數(shù)據(jù)后，在文件上傳界面上傳所有輸入數(shù)據(jù)，點擊提交。再返回到工具主頁面點擊“運行自有數(shù)據(jù)”即可跳轉(zhuǎn)到結(jié)果展示頁面。
Step 5：xCell免疫細胞浸潤分析共得到12個結(jié)果，包括6圖6表，每個結(jié)果都附帶簡單說明?？梢栽诮Y(jié)果展示頁面直接點擊某個圖進入預(yù)覽頁面，也可以直接下載使用
p?結(jié)果說明
n?相對浸潤豐度熱圖?（Heatmap.pdf）：該圖表示各個免疫細胞在各個樣本中的相對浸潤豐度熱圖，最上邊不同顏色橫條表示不同表型的樣本，最左邊不同顏色表示不同細胞亞群，圖中的顏色從綠到黃紅表示細胞含量從低到高。
n?各細胞亞群免疫細胞相對含量小提琴圖?（Epithelial_Xcell_score.pdf、HSC_Xcell_score.pdf、Lymphoid_Xcell_score.pdf、Myeloid_Xcell_score.pdf、Stroma_Xcell_score.pdf）：這5個圖分別表示?Epithelial 、HSC、Lymphoid、Myeloid和Stroma細胞亞群中各個免疫細胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，并添加了顯著性?p.value 值。
n?相對含量統(tǒng)計表?（xCell_score.csv）：該表顯示64 種免疫細胞在各個樣本中的相對含量。
n?各細胞亞群免疫細胞相對含量統(tǒng)計表（Epithelial_sig_cell.csv /Lymphoid_sig_cell.csv/Stroma_sig_cell.csv/HSC_sig_cell.csv/Myeloid_sig_cell.csv）：六個表格文件，分別表示?6 個細胞亞群中的各個細胞在兩種表型中的含量，以及經(jīng)過顯著性檢驗后的?p.value 值。
p?結(jié)語
該小工具設(shè)置參數(shù)少，運行速度塊，用戶只需要輸入基因表達矩陣、樣本的表型信息以及?64 種細胞所屬的細胞亞群，軟件將自行計算出各個樣本組織中的不同免疫細胞的相對含量，同時結(jié)合樣本分組繪制不同組別下免疫細胞浸潤含量的表達分布小提琴圖和熱圖。非常適用于生信新手朋友，感興趣的小伙伴趕快來嘗試一波吧！后面還有更多小工具推薦，敬請期待哦！
小云之聲
如果您的時間和精力有限或者缺乏相關(guān)經(jīng)驗，并且對生信分析和思路設(shè)計有所需要的話，“小云”非常樂意為您提供如下服務(wù)：免費思路評估、付費生信分析和方案設(shè)計以及實驗項目實施等，有意向的小伙伴歡迎咨詢布小谷哦！
