爾云間生信代碼|你與生信大佬的距離,只差2分鐘搞定預(yù)后模型構(gòu)建和性能評估
小云發(fā)現(xiàn)近年來,預(yù)后模型相關(guān)研究的生信文章越來越多,有高到20分的SCI。今天,小云來分解這篇影響因子 > 9分簡單純生信文章的代碼。
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預(yù)后模型(Prognostic Model)
定義:用來預(yù)測個體患者在未來某一時刻發(fā)生某件事的概率。
預(yù)后模型側(cè)重于研究疾病在特定時間段內(nèi)復(fù)發(fā)、死亡、傷殘和并發(fā)癥等結(jié)果發(fā)生的概率。這種模型在研究中非常常見,即
1)患者處于同樣起始狀態(tài)(如確診為某疾病)
2)結(jié)局變量:患者將來是否發(fā)生某一事件(如:死亡)
3)基線時間點(diǎn):有時間維度(如1,3,5年生存率)
預(yù)后模型相關(guān)論文的特點(diǎn):
1)標(biāo)題:
prognostic,prediction,5-year survival;
結(jié)局事件:death,relapse;
2)摘要/關(guān)鍵字:
follow-up,survival probability,risk group;
discrimination,C statistics ,Calibration (校準(zhǔn))指標(biāo)
小編發(fā)現(xiàn)近年來,預(yù)后模型相關(guān)研究的生信文章越來越多,有高到20分的SCI。如下圖。這篇影響因子 > 9分簡單純生信文章。

但是具體要如何實(shí)現(xiàn)預(yù)后模型的構(gòu)建??? 今天,小編以代碼提供的數(shù)據(jù)為例進(jìn)行說明。
代碼具體包括:
Step1輸入數(shù)據(jù)并構(gòu)建預(yù)后模型
Step2 輸出風(fēng)險評分
Step3 預(yù)后模型性能評估(K-M和ROC曲線)
下面是代碼中附帶數(shù)據(jù)預(yù)后模型圖例



神奇吧,就是如此簡單,我們用的都是入門級函數(shù),稍微懂點(diǎn)R語言就能實(shí)現(xiàn)2分鐘就可以實(shí)現(xiàn),不懂也沒關(guān)系,可以直接復(fù)制粘貼代碼就可以實(shí)現(xiàn)。
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