GEO數(shù)據(jù)到底需不需要標(biāo)準(zhǔn)化，看這里
爾云間? 一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)
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最近收到果粉的一些私信，對(duì)GEO數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化提出了一些問題，今天小果就果粉提出的幾個(gè)主要些問題進(jìn)行答疑。
問題一
是不是所有的GEO數(shù)據(jù)都需要標(biāo)準(zhǔn)化，芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化的方法有哪些？
答：不是所有的GEO數(shù)據(jù)都需要標(biāo)準(zhǔn)化。數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)四分位數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化，均值標(biāo)準(zhǔn)化，log2標(biāo)準(zhǔn)化和TMM標(biāo)準(zhǔn)化。
問題二
哪些GEO數(shù)據(jù)不需要進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化？
答：GEO數(shù)據(jù)庫有些數(shù)據(jù)是進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)，比如說Series Matrix File(s)格式的文件和MINiML formmatted family file就是標(biāo)準(zhǔn)化之后的文件。這里小果分別對(duì)兩個(gè)數(shù)據(jù)進(jìn)行了截圖。Series Matrix File(s)格式文件的表達(dá)矩陣：
MINiML formmatted family file格式文件的表達(dá)矩陣：
小伙伴可以觀察到這兩種數(shù)據(jù)的基因表達(dá)矩陣中的表達(dá)豐度值均在50之內(nèi)，可以判斷為是經(jīng)過標(biāo)準(zhǔn)化的結(jié)果。
問題三
哪些GEO數(shù)據(jù)需要進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化？
答：上述說的這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)不是絕對(duì)的，有時(shí)會(huì)遇到的基因表達(dá)矩陣是未經(jīng)過標(biāo)準(zhǔn)化的，需要查看基因表達(dá)矩陣的表達(dá)豐度值來，有的基因表達(dá)矩陣中的表達(dá)豐度值在大于50，或者幾百之間，甚至更大，此時(shí)就需要進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。比如下面小果附上一個(gè)MINiML formmatted family file格式的基因矩陣，如下圖
這時(shí)可以看到基因表達(dá)矩陣中的表達(dá)豐度值均在幾千之間，這時(shí)就需要進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化。
另外就是對(duì)于原始的GEO數(shù)據(jù)，必須要進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化?？傮w來說，GEO數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)具體要視情況而定，不能一概而論。
好了，至此答疑就結(jié)束了。小伙伴快去學(xué)起來吧。
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