廢話：等某人回消息無果，八成又是一個(gè)月。閑來翻了翻之前寫的教程，貼一個(gè)上來記錄一下吧，等有時(shí)間了再把其他的貼上來。 靜電勢(shì)的概念及原理啥的略過。 1、結(jié)構(gòu)優(yōu)化+單點(diǎn)計(jì)算：略 2、將單點(diǎn)計(jì)算得到的

chk

文件轉(zhuǎn)換為

fchk

文件：

formchk 321.chk

3、在計(jì)算靜電勢(shì)時(shí)我們一般至少需要得到

density.cub

和

ESP.cub

這兩個(gè)文件，有時(shí)還需要得到

surfanalysis.pdb

文件來顯示最大值點(diǎn)和最小值點(diǎn)。 3.1、調(diào)用高斯的

cubegen

程序生成

ESP.cub

文件： 查看Gaussian的安裝路徑： [xxx@login ~]$

which g16

/opt/pub/softwares/gaussian/g16a03/g16/g16

查看

cubegen

程序在不在家： [xxx@login ~]$

cd /opt/pub/softwares/gaussian/g16a03/g16/

[xxx@login g16]$

ls

編寫腳本（

123.sh

），內(nèi)容如下：

#!/bin/bash

#SBATCH -n 52???

#SBATCH -N 1????

#SBATCH -p standard

module load gaussian/16.A03

export GAUSS_SCRDIR=/tmp/$SLURM_JOB_ID

export PATH=/opt/pub/softwares/gaussian/g16a03/g16/:$PATH

cubegen 52 potential *.fchk ESP.cub -3

（注：

-4

表示精度為

Fine

，

-3

表示

Medium

，

-2

表示

Coarse

） 賦予腳本可執(zhí)行權(quán)限：

chmod +x 123.sh

提交計(jì)算任務(wù)：

sbatch -n 52 -p standard 123.sh

任務(wù)結(jié)束會(huì)在原路徑下生成?

ESP.cub

文件 3.2、使用

Multiwfn

生成

density.cub

和

surfanalysis.pdb

文件： 首先保證?

Multiwfn

安裝正確 然后在?

fchk

文件目錄下輸入以下內(nèi)容生成

?density.cub

文件：

Multiwfn

321.fchk

5

//計(jì)算格點(diǎn)數(shù)據(jù)

1

???//計(jì)算電子密度

3

???//高精度格點(diǎn)

2

???//導(dǎo)出高斯型.cub 文件，density.cub 然后按以下操作繼續(xù)生成?

surfanalysis.pdb

文件：

0

???//Return to main menu

12

???//Quantitative analysis of molecular surface

0

???//Start analysis now!

2

???//Export surface extrema as surfanalysis.pdb in current folder 4、使用

VMD

程序畫圖： 略