我們對于生成蛋白質(zhì)和小分子的2D相互作用圖片可以通過使用分子對接軟件和可視化工具來完成。

首先獲取蛋白質(zhì)和小分子的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，分子對接，結(jié)果分析和可視化。

以下是一些可視化工具的示例：

PyMOL：PyMOL是一種常用的分子可視化軟件，可以加載蛋白質(zhì)和小分子的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并生成高質(zhì)量的2D相互作用圖片。

VMD：VMD是用于生物分子可視化和分析的軟件，支持加載蛋白質(zhì)和小分子的結(jié)構(gòu)，并生成交互式的2D相互作用圖片。

Discovery Studio Visualizer：Discovery Studio Visualizer是一種功能強(qiáng)大的可視化工具，可以用于加載和分析蛋白質(zhì)和小分子的結(jié)構(gòu)，并生成各種類型的2D相互作用圖片。

這些可視化工具通常提供多種選項和樣式，可以根據(jù)需要選擇不同的顯示模式，如空間填充模型、球棍模型、表面模型等。此外，可以通過調(diào)整顏色、透明度和標(biāo)簽等參數(shù)，進(jìn)一步定制和美化生成的2D相互作用圖片。

需要注意的是，生成的2D相互作用圖片是基于分子對接結(jié)果的可視化表示，可以幫助研究人員更好地理解蛋白質(zhì)和小分子之間的相互作用。

在線工具可以幫助您生成蛋白質(zhì)和小分子的2D相互作用圖片。

以下是一些常用的在線工具：

3DLigandSite: 3DLigandSite是一個在線工具，可以根據(jù)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)合位點，并生成蛋白質(zhì)和小分子的2D相互作用圖。它提供了直觀的圖像來顯示蛋白質(zhì)和小分子之間的相互作用。

SwissDock: SwissDock是一個在線的分子對接平臺，可以進(jìn)行蛋白質(zhì)和小分子的分子對接，并提供可視化工具來展示相互作用位點和相互作用圖。

Pymol Online Viewer: Pymol Online Viewer是一個在線版本的Pymol，可以加載蛋白質(zhì)和小分子的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并生成2D相互作用圖片。它提供了一些可定制的選項，如顏色、透明度和標(biāo)簽。

VMD Web Interface: VMD Web Interface是一個基于Web的VMD工具，可以加載蛋白質(zhì)和小分子的結(jié)構(gòu)，并生成交互式的2D相互作用圖片。

?在maestro中加載對接的復(fù)合物結(jié)構(gòu)，先把非極性氫隱藏，藍(lán)色的ππinteraction相互作用，黃色虛線代表的氫鍵作用，粉紅色的離子鍵。

生成2D相互作用圖片可以在右上角的找到2D sketcher，如果沒有可以搜索。打開的2D相互作用圖片，我們可以鼠標(biāo)旋轉(zhuǎn)，加亮，保存。

在線工具有protein-ligand interaction profiler，選擇我們對接結(jié)果上傳或者輸入pdb id，運行分析，速度很快。

運行的結(jié)果可以看到用PLIP得到的3D相互作用圖片

還有protein plus在線工具網(wǎng)站，上傳對接結(jié)果文件pdb，go運行，可以看到可視化的結(jié)果。

點擊create procket眼睛顯示結(jié)合口袋的氨基酸殘基。右側(cè)有一系列功能，有結(jié)合口袋的，2d相互作用等功能。

我們點2D相互作用，可以輸入配體文件ligands。

在discovery studio查看結(jié)合位點的情況下，可以點擊Receptor ligand interactions->view interactions->ligand interactions

對文章中我們經(jīng)常會看到一些2D圖的位點結(jié)合情況，點擊show 2D digram，放大2D圖

要是想調(diào)整相應(yīng)的格式樣式， 我們可以點擊空白處display style 自行把圖做成不同的風(fēng)格，一般把a(bǔ)tom設(shè)置成stick，interaction中把作用距離show distance。然后左上角點file保存。

?Discovery Studio提供了強(qiáng)大的分子可視化和分析工具，幫助你可視化和分析分子結(jié)構(gòu)、配體和蛋白質(zhì)相互作用等。你可以生成高質(zhì)量的分子結(jié)構(gòu)圖、表面圖和云圖，并使用各種分析工具進(jìn)行結(jié)構(gòu)和性質(zhì)分析。

這里還有小云收集的軟件和在線服務(wù)器可以用一下鏈接：

PLIP:??https://projects.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index
Proteins Plus:??https://proteins.plus/
LigPlot+:??https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/
Leview:http://www.pegase-biosciences.com/leview-ligand-environment-viewer/

以上就是小云給大家?guī)淼亩喾N分子對接生成蛋白和小分子的2D相互作用片展示。?

云生信平臺鏈接：http://www.biocloudservice.com/home.html。

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