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爾云間生信代碼|R可視化:對(duì)兩個(gè)矩陣進(jìn)行相關(guān)性可視化分析

2022-03-03 11:14 作者:爾云間  | 我要投稿

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場(chǎng)景需求:

之前的推文我們介紹了R語(yǔ)言繪制基礎(chǔ)的相關(guān)性分析,但是當(dāng)我們想分析兩種特征之間的相關(guān)性時(shí),則需要對(duì)2個(gè)矩陣(如基因表達(dá)矩陣和免疫細(xì)胞含量矩陣、或物種豐度矩陣和理化因子數(shù)據(jù)矩陣)進(jìn)行相關(guān)性計(jì)算,那之前的腳本是滿足不了的,今天我們來(lái)詳細(xì)介紹這種情況該如何分析,并復(fù)現(xiàn)文獻(xiàn)中下圖。免費(fèi)代碼獲取方式,在文末。

先來(lái)看下文獻(xiàn)中的圖長(zhǎng)什么樣:

接下來(lái)就是復(fù)現(xiàn)該圖做法:

輸入文件:

1.????? gene.expr.csv:基因表達(dá)矩陣

2.????? ssgseaOut.csv:免疫細(xì)胞結(jié)果矩陣

3.????? genelist.txt:目的基因列表

?

結(jié)果展示:

通過(guò)本文中代碼的學(xué)習(xí),可以獲得文獻(xiàn)中的效果,得到下圖結(jié)果并輸出相關(guān)性結(jié)果表格。其本質(zhì)是計(jì)算兩種特征之間的相關(guān)性,此處的免疫浸潤(rùn)可以換成其他變量,例如臨床表型、理化因子等等。需要本文全部數(shù)據(jù)和代碼的可通過(guò)文末看到獲取方式。

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件,請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù) “B25”領(lǐng)??!?



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