微生物肥料的主要作用是改善土壤結(jié)構(gòu)，提高土壤肥力?？梢蚤g接為農(nóng)作物提供養(yǎng)分，但不能完全替代化肥。

化肥能直接為農(nóng)作物提供養(yǎng)分，但利用率低。與微生物肥料配合使用，可提高化肥利用率，減少化肥用量。

微生物肥料與化肥的關(guān)系是相輔相成的。微生物肥料的使用可以提高化肥的利用率，可以減少化肥的使用量，克服化肥單獨使用會使土壤壓實、滲漏、滲漏化肥的缺點。生物有機肥一般不能完全替代農(nóng)產(chǎn)品(如玉米、小麥)的化肥，只追求產(chǎn)量而不追求產(chǎn)品質(zhì)量，成本過高。

如果沒有考慮農(nóng)田的持續(xù)不斷發(fā)展，一般通過農(nóng)產(chǎn)品企業(yè)使用的肥料最好是化肥、生物肥、有機肥混合系統(tǒng)使用，僅用化肥，既追求經(jīng)濟產(chǎn)量，又希望中國土壤環(huán)境持續(xù)豐收的操作，只能在一個富含大量有機質(zhì)的土壤中短期內(nèi)有效。東北黑土長期只用化肥，同時可以焚燒秸稈，導致黑土也會沙化問題就是具有明顯的例子。

微生物肥料的使用可以達到減少化肥使用量的目的。肥料的實際利用率在當季僅為30% ~ 35% 左右，大部分不能被植物吸收，留在土壤中或被沖刷到水域中的肥料污染了環(huán)境。以生物有機肥為基肥，化肥為頂肥，可使化肥利用率提高到70% 左右。固氮菌株還能有效地將大氣中的氮固定到貧氮土壤或水體中的氮肥中，大大減少化肥的用量。生物有機肥的使用也可以大大提高農(nóng)產(chǎn)品的質(zhì)量。利用微生物肥料是減少化肥用量的一項科學有效的措施。