爾云間? 一個(gè)專(zhuān)門(mén)做科研的團(tuán)隊(duì)

原創(chuàng)?小果?生信果

最近收到果粉的一些私信，對(duì)GEO數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化提出了一些問(wèn)題，今天小果就果粉提出的幾個(gè)主要些問(wèn)題進(jìn)行答疑。

問(wèn)題一

是不是所有的GEO數(shù)據(jù)都需要標(biāo)準(zhǔn)化，芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化的方法有哪些？

答：不是所有的GEO數(shù)據(jù)都需要標(biāo)準(zhǔn)化。數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)四分位數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化，均值標(biāo)準(zhǔn)化，log2標(biāo)準(zhǔn)化和TMM標(biāo)準(zhǔn)化。

問(wèn)題二

哪些GEO數(shù)據(jù)不需要進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化？

答：GEO數(shù)據(jù)庫(kù)有些數(shù)據(jù)是進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)，比如說(shuō)Series Matrix File(s)格式的文件和MINiML formmatted family file就是標(biāo)準(zhǔn)化之后的文件。這里小果分別對(duì)兩個(gè)數(shù)據(jù)進(jìn)行了截圖。Series Matrix File(s)格式文件的表達(dá)矩陣：

MINiML formmatted family file格式文件的表達(dá)矩陣：

小伙伴可以觀察到這兩種數(shù)據(jù)的基因表達(dá)矩陣中的表達(dá)豐度值均在50之內(nèi)，可以判斷為是經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化的結(jié)果。

問(wèn)題三

哪些GEO數(shù)據(jù)需要進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化？

答：上述說(shuō)的這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)不是絕對(duì)的，有時(shí)會(huì)遇到的基因表達(dá)矩陣是未經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化的，需要查看基因表達(dá)矩陣的表達(dá)豐度值來(lái)，有的基因表達(dá)矩陣中的表達(dá)豐度值在大于50，或者幾百之間，甚至更大，此時(shí)就需要進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。比如下面小果附上一個(gè)MINiML formmatted family file格式的基因矩陣，如下圖

這時(shí)可以看到基因表達(dá)矩陣中的表達(dá)豐度值均在幾千之間，這時(shí)就需要進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化。

另外就是對(duì)于原始的GEO數(shù)據(jù)，必須要進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化?？傮w來(lái)說(shuō)，GEO數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)具體要視情況而定，不能一概而論。

好了，至此答疑就結(jié)束了。小伙伴快去學(xué)起來(lái)吧。