小果教你使用TCGA數(shù)據(jù)庫下載拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)
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各位小伙伴們，大家好呀，我是你們的老朋友小果，最近收到許多粉絲朋友的留言，說是不知道怎么下載TCGA中的拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)，為此小果今天特地為大家?guī)?strong>TCGA下載突變數(shù)據(jù)教學(xué)。
今天的內(nèi)容分為兩小部分：
一是拷貝數(shù)變異簡介，
二是拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)下載，
接下里就跟隨小果一起去看看吧。
一、拷貝數(shù)變異簡介
拷貝數(shù)變異(copy number variation, CNV)管道使用Affymetrix SNP 6.0陣列數(shù)據(jù)來識別重復(fù)的基因組區(qū)域并推斷這些重復(fù)的拷貝數(shù)，circular binary segmentation (CBS)分析最終的輸出文件被分割成帶有每個區(qū)域估計拷貝數(shù)的基因組區(qū)域，GDC進(jìn)一步將這些拷貝數(shù)值轉(zhuǎn)化為片段均值，等于log2(copy-number/ 2)。
一、拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)下載
今天小果在這里以下載肝癌LIHC的拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)為例進(jìn)行下載，下載步驟如下：
1.進(jìn)入官網(wǎng)GDC：https://portal.gdc.cancer.gov/，在搜索框中輸入LIHC，選擇TCGA LIHC搜索
2.查看搜索結(jié)果，在Data Category下點(diǎn)擊Copy Number Variation后面的數(shù)字376，進(jìn)入單核苷酸突變數(shù)據(jù)頁面
3.在單核苷酸突變數(shù)據(jù)頁面點(diǎn)擊FILE，Data Type選擇Copy Number Segment ，Data Format選擇txt，Access下選擇open，點(diǎn)擊Add ALL File to Cart。
4.點(diǎn)擊完后，查看Cart中的數(shù)據(jù)情況，點(diǎn)擊Downloads選擇Cart進(jìn)行數(shù)據(jù)下載，這樣數(shù)據(jù)就會下載到本地了。
小果在這里需要說明的是小伙伴可以根據(jù)自己的需求下載數(shù)據(jù)，每個人的需求不一致，下載的內(nèi)容也就不一樣，流程大概一致。好了以上就是小果的分享，小伙伴們快去實(shí)踐下吧。
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