MS軟件gulp模塊中文翻譯7-設(shè)置常規(guī)選項
GULP服務器應用程序支持大量設(shè)置,其中許多設(shè)置可以通過Materials Studio用戶界面訪問。通過向輸入文件添加各種關(guān)鍵字,可以在計算中包括許多其他設(shè)置。
一個可能最終決定計算精度的重要設(shè)置是力場庫的選擇。盡管可以在輸入文件本身中指定各種原子間交互的細節(jié),但用戶界面提供了最簡潔的選項。GULP安裝中提供了許多forcefield庫,下面簡要介紹了它們的內(nèi)容和推薦使用方法。
名字
描述
元素
Belashchenko
Na的嵌入原子法(EAM)勢能,用于描述液態(tài)金屬狀態(tài)。
Na
Brenner
用于有機系統(tǒng)建模的反應鍵序(REBO)勢能。
C, H, O, F
Brenner1
將Brenner REBO勢能擴展到碳硅烷。
?C, Si, H
Bresme-H2O
布雷斯梅的水的中心力模型。
O, H
Bush
無機氧化物材料(包括稀土金屬氧化物)的殼層模型勢能。
O, Li, Na, K,
Mg, Ca, Sr,
Ba, Fe, Ti,
Al, Ga, Y, La,
Pr, Nd, Gd,
Eu, Tb, Yb
Carbonates
方解石和相關(guān)系統(tǒng)建模的勢能。氧氣用殼層模型勢能表示。
Ca, Mg, Fe,
Cd, Mn, Ni,
Zn, Co, C, O
Catlow
基于Catlow oxygen shell模型勢能的收集-建議用于沸石和相關(guān)硅酸鹽(包括具有羥基的材料)。
O, Mg, Al,
Na, Si, P, H
ClayFF
粘土材料的勢能
O, Mg, Al,
Si, Ca, Fe, Li,
Na, K, Cs,
Ba, Cl, H
Cleri-Rosato
用嵌入原子方法(EAM)形式構(gòu)建的FCC金屬的勢能。
Ni, Cu, Rh,
Pd, Ag, Ir,
Pt, Au, Al,
Pb
Dreiding
有機分子、生物分子和主族無機分子的通用勢。
?
H, B, C, N,
O, F, Cl, Br,
I, Al, Si, P, S,
Ga, Ge, As,
Se, In, Sn,
Sb, Te, Na,
Ca, Fe, Zn,
Ti, Tc, Ru
EDIP-carbon
碳與環(huán)境相關(guān)的相互作用勢能。
C
EDIP-Si
硅與環(huán)境相關(guān)的相互作用勢能。
Si
Ercolessi
嵌入式原子方法的粘合類型實現(xiàn)。
Au
FFSiOH
使用從頭計算結(jié)果參數(shù)化的(羥基化)二氧化硅的殼層模型。
Si, O, H
Finnis-Sinclair
Finnis和Sinclair的嵌入式原子方法實現(xiàn)。
W, Nb, Ta,
Cr, Mo, Fe,
V
Garofalini
玻璃系統(tǒng)建模的勢能,主要是鋁硅酸鹽。
不使用埃瓦爾德求和,而是使用截斷庫侖勢。不同出版物的切片參數(shù)不同,Litton和Garofaini(1992)的值被認為是決定性的。
Ca, Al, Si, O,
H, Na
Johnson
Johnson的嵌入式原子方法實現(xiàn)。
Cu, Ag, Au,
Ni, Pd, Pt
Lewis
基于Catlow氧氣殼層模型勢能的氧化物勢能的收集。
O, Ca, Sc, Ti,
V, Cr, Mn,
Fe, Co, Ni,
Zn, Zr, Cd,
Hf, Ce, Eu,
Tb, Th, U, Y,
La, Nd, Eu,
Gd, Ho, Yb,Lu, Pu
Matsui
二氧化鈦的勢能。
Ti, O
MEAM-1nn
原始版本的修改嵌入原子勢,第一近鄰方法。有更準確的MEAM版本涉及第二近鄰。
Cu, Ag, Au,
Ni, Pd, Pt,
Al, Pb, Rh,
Ir, Li, Na, K,
V, Nb, Ta,
Cr, Mo, W,
Fe, C, Si, Ge,
H, N, O
MEAM-2nn
涉及第二近鄰的MEAM版本。
Cu, Ag, Au,
Ni, Pd, Pt,
Al, Pb, Fe,
Cr, Mo, W,
V, Nb, Ta, C,
Si, Ge, In,
Mg, Ti, Zr,
Li, Ga, N, Ni,
O, H
Mei-
Davenport
在關(guān)于自由能和熔化的原始論文中使用的Al的嵌入原子模型。
Al
MOX-fuels
利用從頭計算和實驗測量構(gòu)建混合氧化物核燃料的勢能。
U, Np, Pu, O
ReaxFF 5.5
具有有機分子參數(shù)的反應力場ReaxFF。
C, O, H
ReaxFF 6.0
反應力場ReaxFF,具有多種有機和無機系統(tǒng)的組合參數(shù)。
C, O, H
Zn, O, H
Fe, Cl, O, H
Ni
Ba, Y, Zr
Cu
N
Au, S, C, H
Au,O
Al
Mg, P
Si, Na
ReaxFF Li
反應力場ReaxFF,含Li材料的參數(shù)。
C, O, H, N,
S, Li (Mo,
Ni, B, F, P)
Sauer (a)
基于紹爾氧-氧殼層模型勢能的收集-建議用于沸石(包括具有羥基的材料)。
O, Si, Al, H,
Li, Na, K
Stillinger-
Weber
硅的Stillinger Weber勢能。
?Si
Streitz-
Mintmire
氧化鋁的Streitz和Mintmire可變電荷模型。
O, Al
Sutton-Chen
用嵌入原子方法(EAM)形式構(gòu)建的FCC金屬的勢能。
Ni, Cu, Rh,
Pd, Ag, Ir,
Pt, Au, Al,
Pb
Tersoff
半導體及其常見雜質(zhì)的勢能。
?Si, Ge, C, N,
H, O
Tersoff ZRL
硅、二氧化硅和常見雜質(zhì)的勢能
Si, O, N, H
Tiwary
使用從頭計算構(gòu)建二氧化鈾的勢能。
U, O
Vashishta
專用二氧化硅勢能。
Si, O
VBO
Al-H系統(tǒng)的價鍵有序勢。
?Al, H
?
Sauer庫只能通過QMERA“計算”對話框作為QMERA GULP力場使用
注:除非周期系統(tǒng)中靜電相互作用的處理外,GULP中Dreiding力場的實現(xiàn)基本上與Forcete中的等效。為了在GULP和Forcete之間達成一致,應通過編輯Dreiding.off文件并將DISTANCE_DEPENDENT_DIELETRIC_CONSTANT的值從T更改為F,在Forcete中打開完整的庫侖相互作用。該文件存儲在客戶端和服務器上的share\Resources\Simulation\ClassicalEnergy\FORCEFIELDS\Standard文件夾中-在遠程網(wǎng)關(guān)上運行Forcete時,必須修改這兩個文件。
注:ReaxFF 6.0庫包含許多論文中的參數(shù)匯編。請謹慎使用此庫,因為參數(shù)集之間可能存在兼容性問題,并且沒有定義元素之間的所有交叉項。Gale(2011)對GULP中的ReaxFF實現(xiàn)進行了詳細描述。以下是由Gale教授修改的兼容集指南:
l?Zn、O、H
l?Fe、Cl、(O,H)-O和H與相容性論文中的略有不同
l?Ni、(C,H)-C和H與兼容性論文中的略微不同
l?Ba、Y、Zr、(N,O,H,(O,H)-O和H與論文中的相容性略有不同
l?Si,C,Na,(O,H.)-O,H與論文的相容性略微不同
l?Au,S,(C,H.)O和H與本文的相容性稍有不同
?
注:EAM庫文件設(shè)置為運行涉及單個金屬物種的計算。為了研究合金,重要的是要在感興趣的金屬之間添加交叉項。
這些經(jīng)過驗證的力場庫隨GULP一起提供。許多其他出版物包含了進一步的參數(shù),盡管這些參數(shù)不太常用,因此也沒有得到很好的驗證。倫敦大學學院網(wǎng)站上提供了元素周期表中各種元素的此類勢能數(shù)據(jù)庫:http://www.ucl.ac.uk/klmc/Potentials/.
提示:可以將外部源的力場庫添加到Materials Studio中。使用“選擇GULP力場”對話框可以定位并導入其他力場庫。只要文件名的擴展名為.lib,就可以將其導入GULP,并且可以從GULP“計算”對話框的“設(shè)置”選項卡上的“力場”下拉列表中進行選擇。
或者,GULP允許您通過執(zhí)行力場擬合運行來生成新的力場或編輯現(xiàn)有的力場。